将多个文件夹中的多个文件保存为 R 中每个文件夹一个文件答案

【问题标题】：Save multiple files in many folders as one file per folder in R将多个文件夹中的多个文件保存为 R 中每个文件夹一个文件
【发布时间】：2019-06-18 06:54:25
【问题描述】：

我想递归扫描getwd() 中的所有文件夹，选择匹配模式的文件夹，将文件夹名称添加为新的subject 列，并为每个文件夹编写一个.csv。

到目前为止，我设法做到了以下几点，但它仅适用于手动切换文件夹：

library(tidyverse)

dir <- "AP4T/"     
APT4 <-
list.files(path = dir, pattern = "*_PULS.log") %>%
map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file") %>%
select(-CHANNEL, -SIGNAL)

write_csv2(APT4, path = "APT4T/resp.csv")

虽然这些代码有效，但我很难手动更改数百个文件夹，我相信有一种方法可以自动化它，但不知道如何。

例如：

dir<-list.dirs(, full.names = T, recursive = T)
for(i in dir){
  list.files(path = dir, pattern = "*_RESP.log", full.names = T) %>%
    map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file") %>%
    select(-CHANNEL, -SIGNAL) %>%
    write_csv(., path = "resp.csv")
}

将创建一个巨大的 csv 文件，其中包含与模式匹配的所有文件 - 来自所有目录并且不存储任何“目录名称”特定列，以便我可以识别研究对象。

另外 - 即使单个文件也很大，我的处理软件在每个参与者一个文件的基础上工作得更好。这就是为什么我想将与模式匹配的结果存储在单独的文件中，并带有额外的列 for
- 一个文件夹中的文件数 - 通过将.id="file 添加到~read_table2() 调用
- 文件夹名称（文件夹 = 主题）

我觉得我已经很接近了，但这里仍然缺少一些要点。感谢您的帮助

【问题讨论】：

标签： r csv dplyr export

【解决方案1】：

我最终找到了这样做的方法：

library(tidyverse)

# save list of all directories in main/ folder

dir <-list.dirs (path = "main", full.names = T, recursive = T)

#remove 1st item as it points to main directory

dir <- dir[2:73]

# loop over all directories and aggregate files containing "_RESP"

for(i in 1:length(dir))
{
di <- dir[i]

df<-list.files(path = di, pattern = "*_RESP.log", full.names = T) %>%
  map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file")

# Store each merge in separate files with folder as file name

write.csv(df, file = paste0(di,"_RESP",".csv"), row.names = FALSE)
}

【讨论】：