将带有列表列的数据框保存到 tsv

Question

我想将带有列表列的数据框保存到 tsv

> group_file
# A tibble: 2,233 x 2
   gene_name marker     
   <chr>     <list>     
 1 A3GALT2   <chr [81]> 
 2 AADACL3   <chr [91]> 
 3 AADACL4   <chr [132]>
 4 ABCA4     <chr [756]>
 5 ABCB10    <chr [219]>
 6 ABCD3     <chr [260]>
 7 ABL2      <chr [676]>
 8 ACADM     <chr [305]>
 9 ACAP3     <chr [121]>
10 ACBD3     <chr [200]>
# … with 2,223 more rows

我想将其保存为一种格式，每行由基因名称和属于该基因的标记组成：

GENE1   chrX:4_A/C  chrX:9_A/C  chrX:10_A/C chrX:11_A/C
GENE2   chrX:12_A/C chrX:14_A/C chrX:15_A/C chrX:17_A/C

但我无法直接保存：

> write_tsv(group_file,"../data/group_fie.tsv")
Error: Flat files can't store the list column `marker`

我该怎么办？

Answer 1

您不能将列表列写入 csv/tsv。假设您的数据是这样的：

df <- structure(list(gene_name = 1:5, marker = list(c("a", "b"), c("b", 
"c", "d"), c("a", "b"), c("a", "b"), c("a", "b"))), row.names = c(NA, 
-5L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
df

# A tibble: 5 x 2
#    gene_name marker   
#      <int> <list>   
#1         1 <chr [2]>
#2         2 <chr [3]>
#3         3 <chr [2]>
#4         4 <chr [2]>
#5         5 <chr [2]>

您可以考虑以下几个选项。

为每个标记创建新列：

library(tidyverse)

df %>%
  unnest(marker) %>%
  group_by(gene_name) %>%
  mutate(col = paste0('col', row_number())) %>%
  pivot_wider(names_from = col, values_from = marker) %>%
  ungroup -> df1

df1
#  gene_name col1  col2  col3 
#      <int> <chr> <chr> <chr>
#1         1 a     b     NA   
#2         2 b     c     d    
#3         3 a     b     NA   
#4         4 a     b     NA   
#5         5 a     b     NA   

创建一个逗号分隔的字符串，结合每个基因的所有标记。

df2 <- df %>% mutate(marker = map_chr(marker, toString))
df2

#  gene_name marker 
#      <int> <chr>  
#1         1 a, b   
#2         2 b, c, d
#3         3 a, b   
#4         4 a, b   
#5         5 a, b   

您现在应该能够将 df1 和 df2 写入 csv/tsv 文件。