knitr：块中的代码被意外包装

Question

在使用 knit2pdf() 和 LaTeX 的投影仪演示中，我有时 发现块中的代码被包装了，即使我已经设置了 tidy=FALSE 全球。比如这个块：

\item Fit this using \func{glm}:
<<berk-logit2, size='footnotesize'>>=
berkeley <- as.data.frame(UCBAdmissions)
berk.logit2 <- glm(Admit == "Admitted" ~ Dept + Gender,
                   data = berkeley, weights = Freq, family = "binomial")
@

如下所示：

请注意，所有三行都被换行，就像在段落模式中一样。代码块中的缩进行使用空格，而不是制表符。

当我查看生成的 .tex 文件时，没有什么奇怪的，那就是给 alltt 的行看起来不错。

\item Fit this using \func{glm}:
\begin{knitrout}\footnotesize
\definecolor{shadecolor}{rgb}{1, 0.961, 0.933}\color{fgcolor}\begin{kframe}
\begin{alltt}
\hlstd{berkeley} \hlkwb{<-} \hlkwd{as.data.frame}\hlstd{(UCBAdmissions)}
    \hlstd{berk.logit2} \hlkwb{<-} \hlkwd{glm}\hlstd{(Admit} \hlopt{==} \hlstr{"Admitted"} \hlopt{~} \hlstd{Dept} \hlopt{+} \hlstd{Gender,}
                       \hlkwc{data} \hlstd{= berkeley,} \hlkwc{weights} \hlstd{= Freq,} \hlkwc{family} \hlstd{=} \hlstr{"binomial"}\hlstd{)}
\end{alltt}
\end{kframe}
\end{knitrout}

大多数其他块产生格式正确的输出。例如，

<<mice-tab, size='footnotesize' >>=
data(Mice, package="vcdExtra")
mice.tab <- xtabs(Freq ~ litter + treatment + deaths, data=Mice)
ftable(litter + treatment ~ deaths, data=mice.tab)
@

给出：

这可能是什么原因造成的？我的设置很复杂，所以我没有 MWE，但如果我知道要寻找什么会很有帮助。

Answer 1

您可能在幻灯片上使用fragile 框架选项，其中环绕按预期工作。

设置\begin{frame}[fragile] 会产生您为mice-tab 块显示的正确结果：

\documentclass{beamer}
\begin{document}

<<echo = FALSE>>=
library(knitr)
opts_chunk$set(size = "footnotesize",
              eval = FALSE,
              tidy = FALSE)
@

\begin{frame}[fragile]
With fragile:
<<berk-logit2-fragile>>=
  berkeley <- as.data.frame(UCBAdmissions)
  berk.logit2 <- glm(Admit == "Admitted" ~ Dept + Gender,
                     data = berkeley, weights = Freq,
                     family = "binomial")
@

<<mice-tab-fragile>>=
data(Mice, package="vcdExtra")
mice.tab <- xtabs(Freq ~ litter + treatment + deaths, data=Mice)
ftable(litter + treatment ~ deaths, data=mice.tab)
@
\end{frame}

\begin{frame}
Not fragile:
<<berk-logit2>>=
  berkeley <- as.data.frame(UCBAdmissions)
  berk.logit2 <- glm(Admit == "Admitted" ~ Dept + Gender,
                     data = berkeley, weights = Freq,
                     family = "binomial")
@

<<mice-tab>>=
data(Mice, package="vcdExtra")
mice.tab <- xtabs(Freq ~ litter + treatment + deaths, data=Mice)
ftable(litter + treatment ~ deaths, data=mice.tab)
@
\end{frame}
\end{document}