【问题标题】：Unexpected output in knitr when using subfigures使用子图时 knitr 中的意外输出
【发布时间】：2018-06-23 09:16:10
【问题描述】：

我尝试将我的一些脚本从 sweave 更改为 knitr 并发现子图在使用 knitr 时无法正确渲染，而它们在 sweave 中是正确的。我很清楚 knitr 提供了一种在 knitr 标题选项中生成子图的方法，就像在这个 post 中一样，但我的问题是我有几份很长的报告，并希望以最小的更改重复使用这些代码。另外我想了解为什么在使用knitr时，一个简单的子图示例会失败。

sweave 示例

在 sweave (1) 中，为了尊重标准 knitr 输出，我将图形保存在图形子目录中，并创建了两个 pdf 图形。这是要使用sweave() 处理的.Rnw 文件的代码。

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\graphicspath{{figure/}}
\title{test for sweave}
\date{}
\begin{document}
\maketitle

<<multiplefig, echo= FALSE, results=hide>>=
    dir.create("figure",showWarnings = FALSE)
    mapply(function(X){
          pdf(paste0(getwd(),"/figure/fig-",X,".pdf"),height=6,width=6)
          plot(X,main=X)
          dev.off()
        },c(1:2))

@


\begin{figure}[htbp]
 \centering
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{fig-1}
        \caption{subcaption1}
    \end{subfigure}%
    ~ 
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{fig-2}
        \caption{subcaption2}
    \end{subfigure}
    \caption{Subfigures properly placed side by side in sweave using
    the subfigure command.}
\end{figure}
\end{document}

输出是这样的：

knitr 示例

使用 knitr，输出直接从 R 代码块生成，但是在使用 subfigure 命令的时候就出现了问题。

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\graphicspath{{figure/}}
\title{problem when using knitr}
\date{}
\begin{document}
\maketitle
<<init, include=FALSE>>=
library(knitr) 
@
<<knitrfig, fig.height=6, fig.with=6, include=FALSE>>=
    mapply(function(X)plot(X,main=X),c(1:2))
@



This is where the problem lies
\begin{figure}[htbp]
 \centering
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{knitrfig-1}
        \caption{subcaption1}
    \end{subfigure}%
    ~ 
    \begin{subfigure}[b]{0.45\textwidth}
        \centering
        \includegraphics{knitrfig-2}
        \caption{subcaption2}
    \end{subfigure}
    \caption{With knitr the figure is not rendered properly}
\end{figure}
\end{document}

这个问题与图像的大小无关，我可以使用第一个（sweave）代码块产生的图形 fig1 和 fig2 来重现它。我认为某些加载了 knitr 的软件包可能是原因，并且非常感谢您解决这个问题。

【问题讨论】：

标签： r latex knitr sweave

【解决方案1】：

我想我明白为什么了。

首先我意识到，如果我将命令 \usepackage{Sweave} 添加到 knitr tex 输出中，我就不再有这个数字问题了。在 sweave 代码中搜索，我发现它包含以下命令：

\ifthenelse{\boolean{Sweave@gin}}{\setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth}}{}%

在这篇 SO 帖子中，David Calisle 解释说使用

 \setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth,height=0.8\textheight,keepaspectratio}

将命令应用到所有后面的 \includegraphics。

所以我在加载 Sweave 时对图形的宽度进行了限制，但我没有意识到这一点，当我尝试使用 knitr 时它不再起作用。也许这对其有同样问题的其他人有用。我只需将\setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth} 添加到我的脚本中即可。

【讨论】：