以 pdf 和 png 格式保存图形，但在最终文档中使用 pdf 文件答案

【问题标题】：Saving graphs in both pdf and png format but using pdf files in the final document以 pdf 和 png 格式保存图形，但在最终文档中使用 pdf 文件
【发布时间】：2012-03-28 09:21:57
【问题描述】：

我使用knitr 进行分析。我可以使用\SweaveOpts{dev=pdf} 以pdf 格式保存图形，使用\SweaveOpts{dev=png} 以png 格式保存图形。我有兴趣在一次运行中以 pdf 和 png 格式保存图形，但在最终文档中交互使用 pdf。任何建议将不胜感激。谢谢

【问题讨论】：

每个块有多个地块吗？如果你不这样做，我可以通过块挂钩向你展示一个简单的方法；如果你这样做，我将需要更改内部代码以允许每个块有多个设备，例如dev=c('pdf', 'png').
感谢@Yihui 的评论。是的，我确实每个块有多个地块。
下面的答案是一个通用的解决方案，每个块不需要一个 plot，我会考虑如何在 knitr 中为多个设备添加原生支持；也许这可以在 knitr 0.4 中完成。
那太好了。感谢一辉的好作品。
好的，我现在已经实现了对多设备的支持。请参阅下面的修改答案。

标签： r knitr

【解决方案1】：

真正的解决方案来了：

Knitr 0.3.9 开始支持每个块多个设备（目前，您必须从 GitHub 安装）；在您的情况下，您可以设置块选项 dev=c('pdf', 'png') 来获取 PDF 和 PNG 文件。

这是一个使用 ImageMagick 将 PDF 文件转换为 PNG 的解决方案。当然你得先安装ImageMagick，并确保它的bin目录在PATH:

knit_hooks$set(convert = function(before, options, envir) {
  # quit if before a chunk or no figures in this chunk
  if (before || (n <- options$fig.num) == 0L) return()
  # only convert pdf files
  if (options$fig.ext != 'pdf') return()

  # use ImageMagick to convert all pdf to png
  name = fig_path()  # figure filename
  owd = setwd(dirname(name)); on.exit(setwd(owd))
  files = paste(basename(name), if (n == 1L) '' else seq(n), sep = '')
  lapply(files, function(f) {
    system(sprintf('convert %s.pdf %s.png', f, f))
  })
  NULL
})

基本上这个钩子在一个块之后执行，并在所有 PDF 图形上运行convert foo.pdf foo.png。你可以像这样使用它

<<test-png, convert=TRUE>>=
  plot(1); plot(2)
@

或者，如果您将所有图形放在单独的目录中，您可以直接在该目录中运行 convert（即不必在 R 中调用 system()）。

这不是一个理想的解决方案，但应该可以。要使用 R 的原生 png() 设备，您需要先在上面的评论中回答我的问题。

【讨论】：

假设使用 Rnw 文件并生成 pdf 文档：是否可以选择指定哪些文件将用于生成文档？我有一个包含大量图形的 rpeort，并想准备它的高分辨率和低分辨率（即一个使用 png 和一个 pdf）。
@radek 你可以用 LaTeX 技巧做到这一点：en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Importing_Graphics
感谢您的快速回答。我看到生成的tex 文件没有指定图形的扩展名。 \DeclareGraphicsExtensions{.pdf} 之类的东西会仅生成带有 pdf 图像的报告吗？然后 - 我仍然需要编译两个单独的 tex 文档 - 一个带有 pdf 选项，一个带有 png?
@radek \DeclareGraphicsExtensions 是关键。你当然可以自动化它。没有什么能阻止勇敢的程序员。如果需要，您可以发布新问题。