苦苦挣扎于 bookdown 的 PDF 输出

Question

我认为使用 bookdown 编写更长的报告/协议是个好主意，因为每个主题有一个文件而不是一个包含所有内容的 RMarkdown 文档会更舒服。现在我面临共享此文档的问题 - HTML 看起来最好（宽表被截断除外），但很难通过电子邮件发送给主管。我也不能指望任何人能够在他们的计算机上打开 ePub 格式，因此 PDF 将是最简单的选择。现在我的问题：

我的章节标题很长，这在 HTML 中无关紧要，但它们不适合 PDF 文档中的页眉。在 LaTeX 中我可以为它定义一个短标题，我也可以在 bookdown 中这样做吗？

我在代码块中包含使用knitr::include_graphics() 的图形文件，因此我通过块选项生成标题。对于某些数字，我无法避免在标题中使用下划线，但这在 LaTeX 中不起作用。有没有办法逃避实际有效的下划线（最好同时用于 HTML 和 PDF）？渲染后我的 LaTeX 输出如下所示：

\textbackslash{}begin\{figure\}
\includegraphics[width=0.6\linewidth,height=0.6\textheight]{figures/0165_HMMER} \textbackslash{}caption\{Output of HMMER for PA\_0165\}\label{fig:0165}
\textbackslash{}end\{figure\}

编辑

MWE 显示问题是下划线与out.height（或宽度）的百分比组合：

---
title: "MWE FigCap"
author: "LilithElina"
date: "19 Februar 2020"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE, fig.cap="This is a nice figure caption", out.height='40%'}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

```{r pressure2, echo=FALSE, fig.cap="This is a not nice figure_caption", out.height='40%'}
plot(pressure)
```

Answer 1

关于较短的标题：pandoc，用于将 Markdown 转换为 LaTeX，不提供“较短的标题”。不过，您可以自己做：

# Really long chaper heading
\markboth{\thechapter~short heading}{}
[...]
## Really long section heading
\markright{\thesection~short heading}

这假定一个包含章节的文档类。

关于图形标题中的下划线：对我来说，它适用于 PDF 和 HTML 来转义下划线：

```{r pressure2, echo=FALSE, fig.cap="This is a not nice figure\\_caption", out.height='40%'}
plot(pressure)
```