从 R 包函数中检索并执行示例代码作为 R-markdown 中的代码块答案

【问题标题】：Retrieve and execute example code from an R package function as a codeblock in R-markdown从 R 包函数中检索并执行示例代码作为 R-markdown 中的代码块
【发布时间】：2018-08-29 05:36:27
【问题描述】：

我想从R 包中提取示例代码并自动在rmarkdown 文件中运行它。

我可以使用函数utils::example 提取代码，如下所示。

example("geom_histogram", package = "ggplot2", ask = F,
         prompt.prefix = "", give.lines = TRUE)[-(1:5)]

我尝试如下使用块选项results="asis"，但结果是以代码输出而不是代码块的形式给出的。

```{r,echo = FALSE, results="asis"}
cat("```{r}")
library(ggplot2)
cat(paste(example("geom_histogram", package = "ggplot2", ask = F,
                  prompt.prefix = "", give.lines = TRUE)[-(1:5)], collapse = "\n"))
cat("```")
```

我希望将代码作为代码块，输出与http://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_histogram.html 中的相同。如何做到这一点？

【问题讨论】：

标签： r knitr r-markdown

【解决方案1】：

更新答案：

您可以创建一个函数来提取代码并将其用作块选项中的code 参数。

# Function saved in functions.R file
getCode <- function(myFunction, myPackage) {
    example(myFunction, myPackage, ask = FALSE, character.only = TRUE,
            prompt.prefix = "", give.lines = TRUE)[-(1:5)]
}

您的Rmd (myFile.Rmd) 应如下所示：

```{r, meta, include = FALSE}
myPackage  <- "ggplot2"
myFunction <- "geom_histogram"
source("functions.R")
```

```{r, intro, echo = FALSE, results = "asis"}
cat("#", myPackage, "\n")
cat("##", myFunction, "\n")
library(myPackage, character.only = TRUE)
```

```{r, runCode, code = getCode(myFunction, myPackage)}
```

用knitr::knit2html("myFile.Rmd") 编织Rmd 以获得这样的结果：

上一个答案：

将提取的代码写入一个虚拟文件 (foo.R)，并将其用作块选项中的 code 参数。

示例文件 (myFile.Rmd)：

第一个块：加载测试库
第二个块：提取示例并将其保存到文件中
第三块：运行提取的代码

```{r, meta, include = FALSE}
library(ggplot2)
```

```{r, getCode, include = FALSE}
code <- example("geom_histogram", package = "ggplot2", ask = FALSE,
                prompt.prefix = "", give.lines = TRUE)[-(1:5)]
write.table(code, "foo.R", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE)
```

```{r, runCode, code = readLines("foo.R")}
```

使用knitr::knit2html("myFile.Rmd") 编织文件以获得如下结果：

我们还可以移除硬编码的变量以获得更灵活的输出：

```{r, meta, include = FALSE}
myPackage  <- "ggplot2"
myFunction <- "geom_histogram"
library(myPackage, character.only = TRUE)
```

```{r, getCode, include = FALSE}
code <- example(myFunction, myPackage, ask = FALSE, character.only = TRUE,
                prompt.prefix = "", give.lines = TRUE)[-(1:5)]
write.table(code, "foo.R", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE)
```

```{r, intro, echo = FALSE, results = "asis"}
cat("#", myPackage, "\n")
cat("##", myFunction, "\n")
```

```{r, runCode, code = readLines("foo.R")}
```

【讨论】：