使用现有 R 会话中的对象运行 Sweave 或 knitr答案

【问题标题】：Run Sweave or knitr with objects from existing R session使用现有 R 会话中的对象运行 Sweave 或 knitr
【发布时间】：2012-01-16 02:08:20
【问题描述】：

假设我在当前会话中有一个对象x：

x <- 1

如何在 Sweave 或 knitr 文档中使用此对象，而无需明确指定：

\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
  print(x)
@
\end{document}

我问的原因是因为我想编写一个导入数据的 R 脚本，然后使用 Sweave 模板为每个主题生成报告。

【问题讨论】：

标签： r sweave knitr

【解决方案1】：

在评估 R 代码块时，Sweave 和 knitr 都使用全局环境（请参阅 globalenv()），因此全局环境中的任何内容都可以用于您的文档。（严格来说，knitr 使用父框架parent.frame()，大多数情况下是globalenv()）

【讨论】：

我遇到了一个奇怪的问题，与上述类似，但knitr 无法识别在R 模块中创建的对象，我通过read_chunk() 加载该模块。特别是，它没有找到我试图内联使用的对象。这意味着什么？我做了各种测试，重新启动环境等，但无济于事。有什么建议吗？附言我什至尝试将对象分配给专门在.GlobalEnv 中的变量。（从我的评论交叉发布到另一个 SO 问题。）

【解决方案2】：

我过去使用的另一个选项是让 Sweave 代码打开一个文件，

在我的 R 会话中

write.csv(x, "tabletoberead.csv")

在我的 sweave 文件中

<<label=label, echo=FALSE>>= 
datatobeused<-read.csv("tabletoberead.csv")
...more manipulations on data ....
@

显然，如果找不到文件，您应该包含停止代码。

【讨论】：

【解决方案3】：

我会对此采取稍微不同的方法，因为使用全局变量会减少分析的reproducibility。我使用brew + sweave/knitr 来实现这一点。这是一个简单的例子。

# brew template: "template.brew"
\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
print(<%= x %>)
@
\end{document}

# function to write report
write_report <- function(x){
  rnw_file <- sprintf('file_%s.rnw', x)
  brew::brew('template.brew', rnw_file)
  Sweave(rnw_file)
  tex_file <- sprintf('file_%s.tex', x) 
  tools::texi2pdf(tex_file, clean = TRUE, quiet = TRUE)
}

# produce reports
dat <- 1:10
plyr::l_ply(dat, function(x) write_report(x))

【讨论】：

没错。很好的一点。我也不建议在文档之外使用全局变量。

【解决方案4】：

我认为它只是工作。如果您的 Sweave 文件名为“temp.Rnw”，只需运行

> x <- 5
> Sweave("temp.Rnw")

您必须担心正确命名结果输出，以免覆盖每个报告。

【讨论】：

抱歉，这与我的问题有什么关系？
问题一定没有我想的那么清楚。您不想在 R 会话中找到对象并将它们全部打印到 Sweave 文档中吗？
我仍然不确定您在寻找什么，但我会再试一次。
是的，我自己也意识到了这一点。我总是通过命令行编译，由于某种原因认为这不起作用，谢谢。
一个相关的问题是如何防止 knitr/Sweave 在当前环境中使用变量。我现在可能在 RAM 中有 x，但后来我清除了我的环境，突然我的 .Rnw 或 .Rmd 无法编译，因为我忘记在其中定义 x，确保没有任何编译错误。