R Knitr PDF：是否可以通过循环自动保存 PDF 报告（从 .Rmd 生成）？

Question

我想创建一个循环，它允许我自动保存从 .Rmd 文件生成的 PDF 报告。例如，如果变量“ID”有 10 行，我希望 R 自动将 10 个报告保存到特定目录中。这些报告应根据所选的 ID 有所不同。

之前的一篇文章 (Using loops with knitr to produce multiple pdf reports... need a little help to get me over the hump) 讨论了如何创建从 .Rnw 文件生成的多个 pdf 报告。我尝试按如下方式应用该方法：

#Data

```{r, include=FALSE}
set.seed(500)
Score <- rnorm(40, 100, 15)
Criteria1<-rnorm(40, 10, 5)
Criteria2<-rnorm(40, 20, 5)
ID <- sample(1:1000,8,replace=T)
df <- data.frame(ID,Score,Criteria1,Criteria2)

#instead of manually choosing the ID:

subgroup<- subset(df, ID==1) 

# I would like to subset the Data through a loop. My approach was like like this:

for (id in unique(df$ID)){
subgroup<- df[df$ID == id,]}

```

```{r, echo=FALSE}
#Report Analysis

summary(subgroup)
```
#Here will be some text about the summary.



# At the end the goal is to produce automatic pdf reports with the ID name as a filename:

library("rmarkdown")
render("Automated_Report.rmd",output_file = paste('report.', id, '.pdf', sep=''))

Answer 1

调整你的例子：

您需要一个.rmd“模板”文件。可能是这样的，保存为template.rmd。

This is a subgroup report.

```{r, echo=FALSE}
#Report Analysis
summary(subgroup)
```

然后，您需要一个 R 脚本来加载您想要的数据，循环遍历数据子集，并针对每个子集

1. 定义模板内使用的subgroup对象
2. 将模板渲染到所需的输出

所以，在这个单独的脚本中：

# load data 
set.seed(500)
Score <- rnorm(40, 100, 15)
Criteria1<-rnorm(40, 10, 5)
Criteria2<-rnorm(40, 20, 5)
ID <- sample(1:1000,8,replace=T)
df <- data.frame(ID,Score,Criteria1,Criteria2)

library("rmarkdown")

# in a single for loop
#  1. define subgroup
#  2. render output
for (id in unique(df$ID)){
    subgroup <- df[df$ID == id,]
    render("template.rmd",output_file = paste0('report.', id, '.html'))    
}

这在我的工作目录中生成了 8 个 html 文件，每个文件都有不同数据子集的摘要。

请注意，如果您尝试单击 RStudio 中的“编织”按钮，这将不起作用，因为它会在单独的 R 会话中运行 R 代码。但是，当您从控制台显式使用render（或knit2pdf）运行时，rmd 文件中的 R 代码仍然可以访问全局环境。

除了依赖全局变量，另一种选择是使用parametrized reports，在 YAML 标头中定义参数，并将参数值作为参数传递给rmarkdown::render。