从命令行参数操作字符串

Question

我正在使用 optparse 调用一个参数，但我需要结果参数的字符串（变量 x）的格式为 "test", "test2", "test3"（引号用逗号分隔）：

# Set up command line arguments 

library("optparse")

option_list = list(
  make_option(c("--test"), type="character", default=NULL, 
              help="test", metavar="character")

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);

# grab argument into x variable

x <- (opt$pathcsv)
print(x)

进入命令行：

Rscript --vanilla riboeclip_ma.R --pathcsv="test test2 test3"

输出是字符类型：

"test test2 test3"

但是，我希望 x 变量的格式为 "test", "test2", "test3"

我的代码是这样设置的（注意我在向量中有"test", "test2", "test3"）：

all_counts.poly.colData <-
   data.frame(Condition =
                c("test", "test2", "test3"))

但是，我想传递那个 x 变量来实现相同的结果（我正在尝试自动化这个过程）。

all_counts.poly.colData <-
   data.frame(Condition =
                c(x))

如果有更好的方法可以做到这一点，请告诉我，因为我还是 R 新手，昨天开始使用命令行参数。

Answer 1

使用基数 R 中的splitstr 将其拆分为向量：

strsplit(opt$pathcsv, " ")[[1]]

如果要添加逗号，可以使用gsub:

gsub(" ", ", ", opt$pathcsv)
[1] "test, test2, test3"

如果您想要文字引号，请使用 dQuote 应用于每个引号，然后将其粘贴在一起：

paste(sapply(strsplit(opt$pathcsv, " ")[[1]], dQuote), collapse = ",")
[1] "“test”,“test2”,“test3”"

---

根据您的问题，您应该使用 strsplit 来复制您硬编码的内容：

data.frame(Condition =
                c("test1", "test2", "test3"))
  Condition
1      test
2     test2
3     test3

x <- strsplit(opt$pathcsv, " ")[[1]]

data.frame(Condition = x)
 Condition
1      test
2     test2
3     test3

c("test", "test1", "test2") 是一个字符向量，您不应该尝试通过添加引号和逗号来复制创建字符向量的语法。相反，将您的命令行参数直接解析为字符向量：

all(strsplit(opt$pathcsv, " ")[[1]] == c("test", "test2", "test3"))
[1] TRUE