Reticulate - 在 Rmarkdown 中运行 python 块

Question

也许我遗漏了什么，但如果下面的代码是我的 Rmd 文件的内容

```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv("r-reticulate")
py_available(TRUE)
```
```{python}
a = 7
print(a)
```
```{r}
py$a
```

当我编织文件时，最后一个块的输出是 7（如预期的那样）。另一方面，单击 Rstudio 中的全部运行按钮（或逐个运行块），最后一个块的结果为 NULL。

与R notebook example 相比，似乎在python 块中为flights 分配了一些东西应该使py$flights 可用于R，但事实并非如此。

问题：

1. 有没有办法从 R 中访问在以前运行的 Python 块中创建的变量（不是 knit ）？如何将在 python 块中创建的变量“导出”到 R？
2. 什么是了解当我单击 Rmarkdown 文件的 python 块中的运行按钮时会发生什么的好参考？

编辑：好的，在这里看到第一个答案后，我确实将 knitr 和 rmarkdown 都更新到了最新版本，但仍然遇到同样的问题。 我在我的文件中添加了py_available(TRUE)，以确保它已被初始化，但最后一个块在编织时会导致7，但一个接一个地运行块会导致

> py$a
Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'a'

问题是：在 python 块中为a 赋值对 R 环境中的py$a 没有任何作用。也许 R 和 python 之间的这种“共享”环境不是包应该如何工作的？另外，对于一些额外的信息

> py_config()
python:         /usr/bin/python
libpython:      /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        2.7.14 (default, Sep 23 2017, 22:06:14)  [GCC 7.2.0]
numpy:          /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy
numpy_version:  1.12.1

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /usr/bin/python3

Answer 1

这在当前的 RStudio Desktop 中已修复，例如1.2.1114。但是，如果您像我一样坚持使用 RStudio Server Pro 1.1.456，比使用py_run_string 更好的解决方法可能是使用reticulate::repl_python()，它为您提供 R 控制台中的 Python 控制台，并允许您通过复制粘贴来运行您的 python 块它们进入控制台。

解决方法： 在职的：

Answer 2

Rmarkdown / knitr：

运行块：

目前不支持在不编织文档的情况下运行块。请参阅此处：https://github.com/yihui/knitr/issues/1440 或 Reticulate not sharing state between R/Python cells or Python/Python cells in RMarkdown。

编辑：Freguglia 的解决方法：

“解决方法是将 python 块转换为 R 块，并将整个内容包装在 py_run_string() 函数中，因此您在该段代码中分配的任何内容都可以通过 py$variable_name 从 R 访问。”

编织文件：

一种方法是按照上面的建议升级knitr，但您不必也不需要 RStudio 每日构建。

如果你有 1.18 之前的 knitr 版本，你可以包括：

```{r setup, include = FALSE} knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python) ``` ，请看这里：https://rstudio.github.io/reticulate/articles/r_markdown.html#engine-setup。

Python：

如果它不起作用，请确保 python 连接在 rmarmdown/knitr 之外运行： py_run_string("x = 10"); py$x.

如果这也不起作用，您应该检查： py_available() 和 py_numpy_available()。

如果它返回FALSE：尝试将其初始化为：py_available(TRUE)。

如果还是不行，请检查您的配置： py_config()

它将为您提供有关问题的进一步提示：

我的例子是：R 和 python 的不同位版本（32 对 64）或者我在安装 Python2.7 和单独的 Anaconda 时遇到了麻烦。

Answer 3

您必须使用 Rstudio 每日构建 (source) 并将 knitr、rmarkdown 升级到最新版本。

> packageVersion("rmarkdown")
[1] ‘1.9’
> packageVersion("knitr")
[1] ‘1.20’