网状在 RMarkdown 中的 R/Python 单元或 Python/Python 单元之间不共享状态答案

【问题标题】：Reticulate not sharing state between R/Python cells or Python/Python cells in RMarkdown网状在 RMarkdown 中的 R/Python 单元或 Python/Python 单元之间不共享状态
【发布时间】：2018-08-25 17:31:22
【问题描述】：

根据设置说明，我正在尝试让 Reticulate 在 RMarkdown 中工作。但是，我无法在单独的 Python 单元或 Python 和 R 单元之间共享状态，因为文档表明我应该能够。这是我的设置和输出：

单元 1（设置）：

{r}
library(reticulate)
path_to_python <- "/Users/User/anaconda3/bin/python"
use_python(path_to_python)
knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python)
py_available(initialize = TRUE)

输出：

[1] TRUE

单元格 2（在 Python 中设置变量）：

{python}
x = 2

单元格 3（尝试访问 R 中的 Python 变量）：

{r}
py$x

输出：

Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : AttributeError: module '__main__' has no attribute 'x'

单元格 4（在 R 中设置变量）：

{r}
x <- 2

单元格 5（尝试在 Python 中访问 R 变量）：

{python}
r.x

输出：

Traceback (most recent call last):
  File "/var/folders/2b/dgy6vs4n3lbfy2xqwc3gqq9m0000gn/T/RtmpTqIR6P/chunk-code-108b44104ec28.txt", line 1, in <module> r.x NameError: name 'r' is not defined

单元格 6（尝试在后续 Python 单元格中访问之前的 Python 变量）：

{python}
x

输出：

Traceback (most recent call last):
  File "/var/folders/2b/dgy6vs4n3lbfy2xqwc3gqq9m0000gn/T/RtmpTqIR6P/chunk-code-108b44520d158.txt", line 1, in <module> x NameError: name 'x' is not defined

任何帮助或建议将不胜感激！我已经尝试将 reticulate 指向不同的 Conda 环境和 Python 安装，但没有成功。谢谢！

【问题讨论】：

我不确定为什么您会看到第一次调用 python 后看到的错误消息。我有一台带有 python2 和 python3 的 Mac。当我使用我的 python2 时，我得到一个类似于你的错误，但是当我使用我的 python3 时，文档编织没有问题。我没有 python 专业知识 - 是否有在调用 python 时运行的启动文件？

标签： python r r-markdown reticulate

【解决方案1】：

这在当前的 RStudio 中已修复，例如1.2.1114。但是，如果您像我一样坚持使用 RStudio Server Pro 1.1.456，一种解决方法是使用 reticulate::repl_python() 通过将 python 块复制粘贴到 python 控制台来运行它们。如果您需要在两者之间运行 R 块，您可以再次关闭并打开控制台 - 将保持状态。当你完成黑客攻击后，你可以毫无问题地编织整个文件。

【讨论】：

这太棒了，令人惊讶的是人们没有更多地谈论它。

【解决方案2】：

我想我已经弄清楚了。我误解了网状文档，认为这意味着我可以在 RStudio 中以交互方式在 Python 单元之间共享状态。仔细阅读 Github 上的未解决问题后，似乎 RStudio 集成仍在进行中。当直接使用 knitr 编织文档时，我得到了单元格之间共享状态的预期行为。

【讨论】：