从 R 的 system() 调用 python：找不到熊猫答案

【问题标题】：Calling python from R's system(): pandas not found从 R 的 system() 调用 python：找不到熊猫
【发布时间】：2021-12-04 16:49:16
【问题描述】：

我继承了一个（糟糕的）项目，其中 R 通过 R 的 system() 系统地调用 Python 脚本。

我知道这是一个非常糟糕的做法，但老实说，我没有时间补救它。

问题是，我不得不迁移到一台新机器，没有关于如何配置机器的文档，现在，如果我打电话给python3.8 "myscript.py" "arg1" "arg2"，它会完美地导入 pandas。当我（来自 R）system(paste("python3.8"," ","myscript.py"," ",arg1," ",arg2),,wait=TRUE) 时，脚本在 import pandas as pd 处失败。

我什至尝试将python3.8 "myscript.py" "arg1" "arg2" 封装成myscriptcaller.sh 并调用（来自R）system(paste("python3.8"," ","myscriptcaller.sh"," ",arg1," ",arg2),,wait=TRUE)，结果相同。

我感到困惑和绝望。有什么想法吗？

【问题讨论】：

两个调用之间的 sys.path 是否不同
不，不一样
其实，很奇怪...我擦除了机器（Ubuntu 20），创建了一个新机器（Ubuntu 16），降级到 R 3.4.4，这种行为消失了......
更奇怪的是：在全新的 Ubuntu 20.04 中，我无法重现这种奇怪的行为......

标签： python r pandas system

【解决方案1】：

您可以尝试验证您是否在 R 和系统中使用相同的 python "which python"，以防它们运行不同

system(paste("full/path/python"," ", "myscript.py"," ",arg1," ",arg2),,wait=TRUE)

【讨论】：

我确实指定了 /usr/bin/python3.8。值得注意的是，我在那台机器上没有任何其他 python 安装