R ggplot2：使用 stat_summary（平均值）和对数刻度答案

【问题标题】：R ggplot2: using stat_summary (mean) and logarithmic scaleR ggplot2：使用 stat_summary（平均值）和对数刻度
【发布时间】：2011-03-24 04:51:50
【问题描述】：

随着时间的推移，我有一堆测量值，我想在 R 中绘制它们。这是我的数据示例。我对 4 个时间点分别进行了 6 次测量：

values <- c (1012.0, 1644.9, 837.0, 1200.9, 1652.0, 981.5, 
    2236.9, 1697.5, 2087.7, 1500.8,
    2789.3, 1502.9, 2051.3, 3070.7, 3105.4, 
    2692.5, 1488.5, 1978.1, 1925.4, 1524.3,
    2772.0, 1355.3, 2632.4, 2600.1)
time <- factor (rep (c(0, 12, 24, 72), c(6, 6, 6, 6)))

这些数据的尺度是任意的，实际上我要对其进行归一化，使 t=0 的平均值为 1。

norm <- values / mean (values[time == 0])

到目前为止一切顺利。使用ggplot，我绘制了各个点以及一条穿过每个时间点平均值的线：

require (ggplot2)
p <- ggplot(data = data.frame(time, norm), mapping = aes (x = time, y = norm)) +
    stat_summary (fun.y = mean, geom="line", mapping = aes (group = 1)) +
    geom_point()

但是，现在我想应用对数刻度，这就是我的麻烦开始的地方。当我这样做时：

q <- ggplot(data = data.frame(time, norm), mapping = aes (x = time, y = norm)) +
    stat_summary (fun.y = mean, geom="line", mapping = aes (group = 1)) +
    geom_point() + 
    scale_y_log2()

这条线在 t=0 时不会像您预期的那样通过 0，因为 log (1) == 0。相反，这条线穿过 y 轴略低于 0。显然，ggplot 应用了平均值 after 对数转换，得到不同的结果。我希望它采用平均 before 对数转换。

我如何告诉ggplot 先应用平均值？有没有更好的方法来创建这个图表？

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 statistics logarithm

【解决方案1】：

scale_y_log2() 将先进行转换，然后计算几何。

coord_trans() 会做相反的事情：先计算几何，然后变换轴。

所以你需要coord_trans(ytrans = "log2") 而不是scale_y_log2()

【讨论】：

这再简单不过了。非常感谢！
注意：scale_y_log2 不再存在，请改用scale_y_continuous

【解决方案2】：

如果您不想使用 coord_trans() 并且仍想转换数据，解决它的方法是创建一个将反向转换它的函数：

f1 <- function(x) {
  log10(mean(10 ^ x)) 
}

stat_summary (fun.y = f1, geom="line", mapping = aes (group = 1))

【讨论】：

这应该是log10(mean(10 ^ x))，而不是（如你所写）10 ^ mean(x)。
你是对的。我更新了我提议的函数来解决这个问题。它对我有用。

【解决方案3】：

我为这个问题找到的最佳解决方案是使用 coord_trans() 和 scale_y_continuous(breaks = breaks) 的组合

如前所述，使用coord_trans 将在不转换数据的情况下缩放您的轴，但它会给您留下一个丑陋的轴。

在coord_trans 中设置限制适用于某些情况，但如果您想将轴固定为具有特定标签，则需要在您希望设置的中断中包含scale_y_continuous。

coord_trans(y = 'log10') +
scale_y_continuous(breaks = breaks)

【讨论】：