构建使用 RcppArmadillo、RcppEigen 并依赖于 Cpp11 插件的 R 包答案

【问题标题】：Building R Package that uses RcppArmadillo, RcppEigen and depends on Cpp11 Plugins构建使用 RcppArmadillo、RcppEigen 并依赖于 Cpp11 插件的 R 包
【发布时间】：2017-06-25 20:33:32
【问题描述】：

我遵循了迄今为止在本网站或 Dirk、Hadley 或其他人发表的说明中解释的所有程序。但是，由于 cpp11 插件的问题，我在构建包时仍然遇到问题。

我使用了RcppArmadillo.package.skeleton() 函数。我将我的 cpp 文件放在 src 目录中。 NAMESPACE 文件看起来应该包含importFrom(Rcpp, sourceCpp) 行。我还编辑了DESCRIPTION文件，在LinkingTo部分，我添加了RcppEigen和我使用的其他包。我终于在 R 中运行了compileAttributes(verbose=TRUE) 函数，一切看起来都很好。因此，我认为我已经做了我应该做的一切。我还必须提到，当我使用sourceCpp() 在 R 中编译我的代码时，它运行良好并且编译时没有错误！为了更好地说明我的依赖关系，我将代码的第一块放在这里：

    #include <RcppArmadillo.h>
    #include <RcppNumerical.h>
    #include <RcppArmadilloExtensions/sample.h>
    #include <Eigen/LU> 
    #include <algorithm>

    // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
    // [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
    // [[Rcpp::depends(RcppNumerical)]]
    // [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

问题是当我构建我的包时，我收到与 cpp11 插件相关的 auto 类型的行的错误和警告。

在此网站上搜索类似帖子后，我得出结论，我必须强制我的 R 编译器使用 c++11，因此我编辑了位于 ~/.R/Makevars 的 Makvars 文件，因为我使用 MAC 我添加了这一行： CXX=clang++ -std=c++11 到该文件。但是，当我这样做时，这 3 个错误消失了，但生成了 50 个新错误，因为不再识别所有 Armadillo 变量类型，例如 mat、uvec 等。所以我不知道如何解决这个问题。

我认为基本上把 // [[Rcpp::plugins(cpp11)]] 放在应该照顾它，因为新版本的 Rcpp 支持这个插件，可能这就是为什么当我在 R 中运行 sourceCpp 时我没有收到错误并且一切看起来都很好。但我不知道在构建我的包时会发生什么。我的 Rcpp 版本是 0.12.8 。提前感谢您的任何帮助。

【问题讨论】：

标签： rcpp armadillo r-package rcpp11

【解决方案1】：

依赖项（即其他头文件）和编译器选项的插件供 sourceCpp() 使用。

包使用LinkingTo: 执行此操作，对于 C++11 指令，或者 src/Makevars 或 SystemRequirements。请参阅 Writing R Extensions 记录此内容。

【讨论】：

感谢 Dirk 的回复。根据您的回答，我阅读了有关 C++11 的编写 R 扩展的 this part 并在 src/Makevars 文件中添加了一行。但是问题依然存在，Armadillo函数无法识别！这是否意味着RcppArmadillo 和C++11 不兼容？
继续阅读同一手册，寻找LinkingTo。使用 documented 函数 RcppArmadillo.package.skeleton() 创建一个 working 包并找出我们的尝试不足之处。
德克，我终于能够解决这个问题了！我最终可以通过运行RcppArmadillo.package.skeleton() 将我的包与测试包进行比较来找到它。原因是我在代码的开头使用了using namespace arma，而在使用犰狳类型之前从不使用arma::。错误是在缺少using namespace arma 的RcppExports.cpp 文件中产生的。我自己添加了那条线，它解决了问题。但是，那里提到“不要手动编辑”。无论如何，该行是自动添加的吗？手动编辑会不会出问题？
Dirk，我也想借此机会直接感谢您制作 Rcpp 和所有相关软件包。它们非常有用！你很棒，我非常感谢你为 R 社区所做的努力。
我想我必须把它写成更新。作为对我的问题的回答，如果手动编辑会导致问题，我应该说是。因为当我使用手动将using namespace arma添加到集群中的RcppExport.cpp进行并行计算后制作的包时，它不起作用并产生了：Null value passed！结果，我在源代码中删除了该行，在所有 Armadillo 对象之前添加了 arma::，并重新构建了包。构建包时没有产生错误，它在集群中也能完美运行！