从本地存储库安装具有依赖项的软件包时出错

Question

当软件包有依赖项时，我在离线安装软件包时出错。这与this question 非常相似。我已按照那里的说明进行离线安装。 所以我已经将所有 CRAN 包安装到一个目录并创建了 PACKAGES 文件。

但该答案中概述的过程似乎存在一个微妙的错误

我可以使用以下命令从 Linux 上的本地 repo 安装包，没有问题，即不指定 repo：

install.packages("/software/r_packages/src/contrib/ZillowR_0.1.0.tar.gz",     lib="/usr/lib64/R/library")

但是，如果我想获取依赖项，我需要使用例如将其指向 repo 及其 PACKAGES 文件

install.packages("/software/r_packages/src/contrib/ZillowR_0.1.0.tar.gz",     lib="/usr/lib64/R/library", repos="file:///software/r_packages/")

但如果我这样做，我会得到错误：

Warning message:
package ‘/software/r_packages/src/contrib/ZillowR_0.1.0.tar.gz’ is not available (for R version 3.2.3)

我已经测试并确认它正在读取 PACKAGES 文件，因为如果我在 PACKAGES 的 ZillowR 条目中输入错字，我会收到一个错误，表明它无法正确解析条目。

Answer 1

这里应该对你有用的是：

install.packages(pkgs = "ZillowR", type = "source", 
                 lib = "/usr/lib64/R/library", 
                 contriburl = "file:///software/r_packages/")

install.packages() 的参数可能非常庞大，并且所有默认值都配置为与从 CRAN（或其他远程存储库）安装的软件包一起使用。要解开这里发生的事情，请考虑使用以下代码从 CRAN 安装 ZillowR：

install.packages(pkgs = "ZillowR")

这是设置了很多默认值，所以你实际上是在调用：

install.packages(pkgs = "ZillowR", lib = .libPaths()[1], 
                 repos = getOption("repos"),
                 contriburl = contrib.url(repos, type),
                 type = getOption("pkgType"))

两个关键的默认值是调用一些全局选项，在我的安装中设置为：

> getOption("repos")
                                CRAN                            CRANextra 
       "https://cloud.r-project.org" "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin" 
> getOption("pkgType")
[1] "both"

您需要（可能）克服这些默认值才能进行本地安装，而要克服的关键是 contriburl 的值（它继承自 repos。知道这一点，您的直觉似乎（正确地）一直按照installing a local source package的说明进行操作，如：

install.packages(pkgs = "/software/r_packages/src/contrib/ZillowR_0.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

但是install.packages() 的行为在那里完全不同，因为pkgs 参数需要源压缩包的文件名（当repos 和因此contriburl 是NULL 时） .

对于本地类似 CRAN 的 repo，您​​实际上希望将 pkgs 设置为 包名称 并将 contriburl 设置为本地 repo 路径。作为参考，这里是the relevant section of the docs for contriburl：

contriburl 存储库贡献部分的 URL。如果您的存储库镜像不完整，请使用此参数，例如，因为您只刻录了 CD 上的“contrib”部分，或者只有二进制包。覆盖参数存储库。与 type = "both" 不兼容。

最后一句话说明了为什么你（可能）需要设置type = "source"。