如何使用 Microsoft R Open 3.3.2 获得 rmarkdown 1.2答案

【问题标题】：How do I get rmarkdown 1.2 with Microsoft R Open 3.3.2如何使用 Microsoft R Open 3.3.2 获得 rmarkdown 1.2
【发布时间】：2017-07-07 02:55:42
【问题描述】：

我正在使用 RStudio 1.0.136 和 Microsoft R Open 3.3.2 当我执行 File --> New File --> R Markdown... 它说

rmarkdown 1.2 是必需的，但 1.1 可用

和

检查 getOption("repos") 是否引用了包含所需软件包版本的 CRAN 存储库

和

getOption("repos") 给了我这个：

                                                      CRAN 
"https://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/2016-11-01" 
                                                 CRANextra 
                      "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"

我从这里去哪里？

【问题讨论】：

您是否尝试更新markdown 包？
是的。它说“所有软件包都是最新的”。
再次尝试安装rmarkdown 包。 install.packages("rmarkdown")。我拥有的最新版本是 1.3。
MS R 将包存储库修复到他们发布该版本的 R 发行版的日期。要获取更新的包，您可以使用 repos 参数来引用不同的存储库。 update.packages(repos="https://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/2016-02-16") 之类的东西应该为您提供最新最好的。
应该是update.packages(repos="https://mran.revolutionanalytics.com/‌snapshot/2017-02-16"‌)。该死的年份变化。这将更新您的所有软件包。如果您只想更新rmarkdown 及其依赖项而不理会其他包，请使用答案中的代码。

标签： r r-markdown cran microsoft-r

【解决方案1】：

我们对 MRO（和其他 MS R 发行版）所做的事情之一是将默认存储库指向静态时间点快照，以实现可重复性。

来自https://mran.revolutionanalytics.com/documents/rro/reproducibility/：

例如，您昨天使用的一个包可能在一夜之间更新了，或者它的某个依赖项更新了，现在您的脚本不再按预期工作。开发人员想知道，“他们打算什么时候修复和更新这个包？我需要重写我的脚本吗？”每当他们的维护者选择这样做时，包都会得到修复 - 无论是今天，明天还是下个月。每次包中断时，使用该版本包的所有脚本都会如此。这种方法显然不是最理想的R 程序员渴望的稳定性。

同样，每当用户指向最新的 CRAN 存储库时，install.packages 都可以在今天为“User_A”安装一个版本的软件包，为指向不同镜像的“User_B”安装同一软件包的另一个版本，甚至是一个'User_C' 明天尝试安装时出现“找不到包”错误。这种不一致再次给共享脚本带来了挑战。

就您而言，您使用的快照截至 2016 年 11 月 1 日。当时，最新版本的 rmarkdown 是 1.1。如果您运行install.packages，您将获得该版本，而不是更新的版本。

如果您确实想要 rmarkdown 1.2，您可以在 install.packages 调用中覆盖默认 repo：

install.packages("rmarkdown", repos="https://cloud.r-project.org")

【讨论】：