RStudio 看不到正在更新的软件包答案

【问题标题】：RStudio does not see packages being updatedRStudio 看不到正在更新的软件包
【发布时间】：2017-12-05 12:46:13
【问题描述】：

在我运行install.packages('some_package') 并成功安装后，RStudio 询问我是否要更新旧包列表：

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmpu75mCG/downloaded_packages’
Old packages: 'acepack', 'base64', 'colorspace', 'DBI', 'digest', 'ggplot2', 'gridSVG', 'Hmisc', 'limma', 'plyr', 'Rcpp',
  'reshape2', 'R.oo', 'RSQLite', 'R.utils', 'scales', 'stringi', 'stringr', 'XML', 'abind', 'colorspace', 'crayon',
  'digest', 'ggplot2', 'gtable', 'mapproj', 'maps', 'memoise', 'munsell', 'pkgKitten', 'plyr', 'proto', 'Rcpp',
  'reshape2', 'scales', 'sp', 'stringi', 'stringr'
Update all/some/none? [a/s/n]:

我说a 似乎没有错误，但下次我安装一些包时，RStudio 要求我更新相同的包。我可以成功安装单个包install.packages('acepack')，但 RStudio 仍然要求我下次更新它。

如何说服 RStudio 我已经更新了软件包？

使用 R 版本 3.4.0 (2017-04-21)、RStudio 版本 1.0.143、Ubuntu 16.04

更新：

当我在纯 R 中这样做时也是如此。

当我运行 Bioconductor 的 biocLite() 函数时也是这样

【问题讨论】：

.libPaths() 的输出是什么？可能是软件包安装在不同的位置，而旧版本仍然存在于其中一些位置。
安装在不同的位置！减少地点数量解决了我的问题。

标签： r rstudio packages updates

【解决方案1】：

有时，软件包存储在不同的文件夹中，当您更新它们时，旧版本可能会保留在其中的一些文件夹中，从而导致此类问题。

查看.libPaths() 的输出并搜索这些对应的文件夹。有很多方法可以防止这些冲突的出现，例如在您的 RPROFILE 文件中定义一个固定的包存储库。

【讨论】：