列出与 R 中的完整路径模式匹配的所有文件答案

【问题标题】：Listing all files matching a full-path pattern in R列出与 R 中的完整路径模式匹配的所有文件
【发布时间】：2012-05-08 08:57:42
【问题描述】：

我正在尝试获取与 完整路径 模式匹配的文件列表。到目前为止，我已经使用了 list.files() 但它不起作用。

假设我们有以下目录组织：

results
   |- A
   |  |- data-1.csv
   |  |- data-2.csv
   |
   |- B
      |- data-1.csv
      |- data-2.csv

然后是下面的命令：

list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

将返回所有匹配模式的文件。这可行，但使用 full-path 模式时会出现问题。例如，如果我想从目录 results/A 中获取所有 CSV 文件，我可以这样做：

list.files(pattern='results/A/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

但这不起作用。不知何故，R 似乎无法将完整路径模式用作正则表达式。在这种情况下，解决方案可能是只使用 results/A 作为基本路径。但在更复杂的问题中，这是无法做到的。例如，在某些时候我们可能想要匹配仅包含字符的子目录：

list.files(pattern='results/[A-Z]+/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

在 R 中可以做到这一点吗？

更新：在使用临时解决方案一段时间后，我决定停止一次又一次地输入相同的内容。所以，我创建了一个library 来简化这个任务。

【问题讨论】：

标签： regex r path

【解决方案1】：

首先，请注意您没有使用正则表达式模式。你的第一个例子应该是：

list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

然后，list.files 中的模式匹配似乎应用于文件基名（即不包括目录路径），因此您可以将任务拆分为：

查找仅匹配基本名称的所有文件，返回它们的完整路径：

basename.matches <- list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE,
                               full.names = TRUE)
basename.matches
# [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv" "./results/B/data-1.csv"
# [4] "./results/B/data-2.csv"

full.matches <- grep(pattern='^\\./results/A/', basename.matches, value = TRUE)
full.matches
# [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv"

【讨论】：

你完全正确。感谢您发现这一点。您的两步解决方案类似于我计划做的事情，如果看起来确实如此，R 中不支持完整路径模式。但是，如果正则表达式指向绝对路径，请列出。文件将不起作用。例如，'/tmp/[A-Z]+/data-.*\\.csv'。我想我总是可以提取路径'/tmp/'的开头并将其用作list.files的'path'参数，但我想知道R是否已经提供了类似的东西。

【解决方案2】：

您不能仅使用 list.files 执行此操作，因为它会遍历 path 中的每个元素并将正则表达式应用于其中包含的文件。但由于 list.files 的 path 参数可以接受向量，因此您可以使用它来解决您的问题。

dirs <- grep("[A-Z]+$",list.dirs("results",recursive=FALSE),value=TRUE)
list.files(dirs, "data-.*\\.csv", recursive=TRUE, full.names=TRUE)

【讨论】：

【解决方案3】：

我认为还有一个更简单的解决方案：

Sys.glob(file.path(results, "[A-Z]", "data-*.csv"))

【讨论】：

【解决方案4】：

我会用

paths <- list.files(results, pattern= glob2rx("*data-*.csv$*"), full.names=T, recursive=T)

【讨论】：