【问题标题】：In RStudio, `knit` always works, but `rmarkdown::render` fails on second run (but not first!)在 RStudio 中，`knit` 始终有效，但 `rmarkdown::render` 在第二次运行时失败（但不是第一次！）
【发布时间】：2019-10-29 13:42:13
【问题描述】：

我正在尝试做一些非常简单的事情：生成 PDF 格式的报告。终于找到了一种重现我的问题的方法。我需要使用rmarkdown::render 根据GlobalEnv 中的数据创建报告。我正在使用tinytex 包。这里是test.Rmd：

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(kableExtra)
library(tidyverse)
```

## R Markdown

```{r cars}
mtcars %>%
  kable(booktabs = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")
```

作品：

RStudio 中的“Knit”似乎总是在这个文件上工作，正如预期的那样，产生mtcars 数据帧，用kable() 很好地格式化

不起作用（但应该？）：

运行rmarkdown::render("test.Rmd") 在第一次运行时有效，但在第二次运行时无效。它抛出错误：

! LaTeX Error: Unknown float option `H'.

此后，RStudio 中的“Knit”会生成 PDF，但 R/knitr 会打印来自 rmarkdown::render("test.Rmd") 命令的任何警告/错误消息。

附加信息

如果上面的代码块改成运行rmarkdown::render("test.Rmd")不会产生错误

```{r cars}
mtcars %>%
  kable()
```

【问题讨论】：

标签： r r-markdown knitr kable kableextra

【解决方案1】：

我选择回答我自己的问题，因为我找到了一种解决方法，如果有人找到错误的原因，希望它是不必要的。

PDF 渲染引擎似乎除了tinytex 的最基本的 LaTeX 安装之外什么都不识别。我尝试tinytex::tlmgr_install 手动安装必要的 LaTeX 包，但它们都返回“包已存在”消息。

解决方案

我在 Rmd 中的 YAML 中添加了以下内容：

header-includes:
   - \usepackage{booktabs}
   - \usepackage{float}
   - \usepackage{colortbl}
   - \usepackage[table]{xcolor}

我基本上添加了每个 \usepackage 行，直到我没有收到我正在寻找的格式错误。

工作 Rmd 代码

rmarkdown::render() 和 knit (Rstudio) 都可以工作（也可以在我的 OWN 代码上工作！）：

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
header-includes:
   - \usepackage{booktabs}
   - \usepackage{float}
   - \usepackage{colortbl}
   - \usepackage[table]{xcolor}
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(kableExtra)
library(tidyverse)
```

## R Markdown

```{r cars}
mtcars %>%
  kable(booktabs = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")
```

【讨论】：

【解决方案2】：

这对我不起作用。我在 xcolor 选项中遇到了冲突。第 3 页中指出的解决方案：https://haozhu233.github.io/kableExtra/awesome_table_in_pdf.pdf

是添加：

options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)

在 YAML 中：

header-includes:
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{longtable}
- \usepackage{array}
- \usepackage{multirow}
- \usepackage{xcolor}
- \usepackage{wrapfig}
- \usepackage{float}
- \usepackage{colortbl}
- \usepackage{pdflscape}
- \usepackage{tabu}
- \usepackage{threeparttable}
- \usepackage{threeparttablex}
- \usepackage[normalem]{ulem}
- \usepackage{makecell}

请注意，您可以删除任何不需要的软件包。

【讨论】：