使用 R markdown、knitr、pandoc、beamer 绘制大小和分辨率

Question

默认情况下不适合幻灯片，甚至无法通过任何其他方式打印。

这是 .Rmd：编辑：看来您必须在每个块中使用 plot()。现在打印第二个图。

# Plot should show at high resolution

```{r echo=FALSE, comment = ""}
# load some data
require(plyr)
rbi <- ddply(baseball, .(year), summarise,  
  mean_rbi = mean(rbi, na.rm = TRUE))
```

```{r}
# plot
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

# Second attempt
```{r, fig.width = 2, fig.height = 2}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

# Third attempt
```{r, out.width = 2, out.height = 2}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

# Fourth attempt
```{r, out.width = '200px', out.height = '200px'}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

# Fifth attempt
```{r, out.width = '\\maxwidth'}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

另存为test.Rmd 然后使用 beamer 编译成 tex：

knit("test.Rmd")
system("pandoc -s -t beamer --slide-level 1 test.md -o test.tex")

在 RStudio 中打开 test.tex 并点击“编译 PDF”。

我读过一辉的documentation，希望我没有错过一些非常明显的东西。

编辑新的代码结合了易辉的建议。

```{r setup, include=FALSE}
opts_chunk$set(dev = 'pdf')
```

# Plot should show at high resolution

```{r echo=FALSE, comment = ""}
# load some data
require(plyr)
rbi <- ddply(baseball, .(year), summarise,  
  mean_rbi = mean(rbi, na.rm = TRUE))
```

```{r}
# plot
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

# Second attempt
```{r, fig.width = 4, fig.height = 4}
plot(mean_rbi ~ year, type = "l", data = rbi)
```

sessionInfo()

 R version 3.0.1 (16/05/2013)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Local:
 [1] LC_CTYPE = en_US.UTF-8 LC_NUMERIC = C LC_TIME = C LC_COLLATE = C        
 [5] LC_MONETARY=C        LC_MESSAGES=C        LC_PAPER=C           LC_NAME=C           
 [9] LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] plyr_1.8       markdown_0.6   knitr_1.2      rCharts_0.3.51 slidify_0.3.52

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] RJSONIO_1.0-3   codetools_0.2-8 digest_0.6.3    evaluate_0.4.3  formatR_0.8    
 [6] grid_3.0.1      lattice_0.20-15 stringr_0.6.2   tools_3.0.1     whisker_0.3-2  
[11] yaml_2.1.7  

Answer 1

我认为这是关于 Pandoc 和 markdown 制作的投影仪幻灯片中人物行为的常见问题。真正的问题是，R Markdown 默认生成 PNG 图像（来自knitr），并且默认情况下很难在 LaTeX 中获得正确的 PNG 图像大小（我不知道为什么）。但是，正确设置 PDF 图像的大小是相当容易的。一种解决方案是在您的第一个块中将默认图形设备重置为 PDF：

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(dev = 'pdf')
```

然后所有的图片都会写成PDF文件，LaTeX会很开心。

您的第二个问题是您将out.width / out.height 中的 HTML 单元与 LaTeX 单元混合在一起。 LaTeX 和 HTML 是非常不同的技术。你不应该期望\maxwidth 在 HTML 中工作，或在 LaTeX 中使用 200px。尤其是想把Markdown转成LaTeX的时候，最好不要设置out.width/out.height（使用fig.width/fig.height，让LaTeX使用原来的大小）。

Answer 2

图形大小以英寸为单位，可以作为文档输出格式的全局选项包含在内。例如：

---
title: "My Document"
output:
  html_document:
    fig_width: 6
    fig_height: 4
---

并且绘图在图形设备中的大小可以在块级别增加：

```{r, fig.width=14, fig.height=12}          #Expand the plot width to 14 inches

ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) +     #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) +                         #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25)                  #increases the size of the font
```

您也可以使用out.width 和out.height 参数直接定义输出文件中绘图的大小：

```{r, out.width="200px", out.height="200px"} #Expand the plot width to 200 pixels

ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) +     #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) +                         #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25)                  #increases the size of the font
```