【问题标题】：Formatting chord diagram based on matrix-input基于矩阵输入格式化和弦图
【发布时间】：2019-01-09 01:51:56
【问题描述】：

现状

在我之前的问题Data frame into a symmetric matrix while keeping all row and column 中，我最终得到了一个对称矩阵，我想将其转换为这样的格式化和弦图：

library(edgebundleR)

# data
x <- structure(c(1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0), 
               .Dim = c(3L,5L), 
               .Dimnames = list(c("a.X", "a.Y", "b.Z"), c("a.A", "a.B", "a.C", "b.D", "b.E")))
x <- as.matrix(x)
x <- rbind(cbind(diag(nrow(x)), x), cbind(t(x), diag(ncol(x))))
colnames(x) <- rownames(x)

# plot
edgebundle(x)

# plot with basic formatting using the arguments of edgebundle()
edgebundle(x,
           tension=1,
           fontsize = 12,
           cutoff = 0, 
           width = 1000,
           padding = 230,
           nodesize = c(5, 30))

问题

但是，类似于Color edges and vertex in chord diagram using edgebundle，我想更进一步并更改线条和节点的颜色（默认情况下和鼠标悬停期间），这在使用 igraph-object 时是可能的，如@987654323 所示@ 和documentation。

在阅读了edgebundleR 的PDF-documentation 之后，我想这不是该软件包功能的一部分，但它也可以...

包括基于组c("a.", "b.") 的分组标签
更改文本的字体
对指向不同组的线条使用不同颜色已选择类别（如 example 中的输入和输出）
为绘图添加标题，当绘图旋转时保持原位

我的问题

是否可以在使用矩阵而不是 igraph 对象，优先使用颜色代码（RGB，十六进制），如果是，如何？
尽管未包含在基本功能中，但是否有从上面进行高级格式化的方法？（当然，不必在很大程度上重写或扩展包）

感谢您的建议！

【问题讨论】：

标签： r matrix plot chord-diagram

【解决方案1】：

与此同时，我想出了一个方法来改变整个情节的颜色（包括文本、线条和节点）。我想在这里分享它，以便为志同道合的人节省几个小时的研究时间。

1。更改和弦图的颜色

它通过将矩阵转换为 igraph 对象并通过顶点V() 函数设置颜色来工作。颜色可以按组设置，每个顶点使用循环设置，或者在仅使用一种颜色时作为一个整体设置。

library(igraph)   

# transform into igraph-object
y <- graph_from_adjacency_matrix(as.matrix(x, "adjacency"), mode = "undirected")

# setting colors

# Per group
V(y)[which(substring(colnames(x),0,1) %in% "a")]$color <- "green"
V(y)[which(substring(colnames(x),0,1) %in% "b")]$color <- "red"
edgebundle(y)

# vertex per vertex
V(y)$color <- c("green", "red") 
edgebundle(y)

# as a whole
V(y)$color <- "#a98561" # hex-codes are supported
edgebundle(y)

2。高级格式化

毕竟，igraph 带有定义标题y$main 的函数，通过使用E() 函数E(y)$color 更改线条（即边缘）的颜色，更改标签的字体V(y)$label.family 和其他用于更好格式化的工具（请参阅：manual）。不幸的是，edgebundleR 包不支持这些东西。它们在使用时没有任何作用。下面，我提供了一个简短的示例来感受这些设置，显示edgebundle() 和plot.igraph() 之间的差异。

# settings
y$main <- "Title"
E(y)$color <- "red"
V(y)$label.family <- "Arial"

# see plots
plot.igraph(y)
edgebundle(y)

如果不扩展包，似乎无法在鼠标悬停期间更改线条的颜色，即边缘。 edgebundle() 的默认设置为标准线指向蓝色，鼠标悬停时指向红色。一旦指定，这些值将被替换为相同的颜色。目前没有为标准线和鼠标悬停定义不同颜色的选项。

也无法将分组标签添加到文本组。

前景

如果有人能够解决这些问题，或者如果 edgebundleR 收到包含新功能的更新，欢迎您扩展此答案。

【讨论】：