在不同的子目录中使用循环模式导入多个 csv

Question

我正在为 R 编写一个带有 BID 文件格式（脑成像数据结构）的脚本。我需要能够使用通用格式，其中一部分路径代表另一个变量：

subj=VARIABLE
t1s${subj}=read.csv("./sub-${subj}/ses-1/beh/*task-navon*")

这应该可以工作，以便用户可以在我们收集主题编号时导入它们，然后使用脚本将该主题读入 df。然后，我将继续“争吵”数据，继续使用 $subj 编号来执行添加列列出 subj 之类的操作。数字重复与​​df长度相同的次数（从另一个函数打印到变量等）。

脚本中使用的示例文件：

t1s10001=read.csv("./sub-10001/ses-1/beh/sub-10001_ses-1_task-navon_beh.csv")
t1s10002=read.csv("./sub-10002/ses-1/beh/sub-10002_ses-1_task-navon_beh.csv")
t1s10003=read.csv("./sub-10003/ses-1/beh/sub-10003_ses-1_task-navon_beh.csv")

奖励:: 如果你知道如何做到这一点，那么 subj 可以有多个输入

即：

insert subject numbers:
10001 10002 10003

因此 $subj 数字被保存到 $1 $2 $3 $4 个空格中并自动循环通过导入过程（以及脚本的其余部分）

Answer 1

这是一个可能的解决方案，使用 map 然后 split 读取 CSV 文件并将它们作为数据框存储在列表中。

# test.csv files are saved within directories names 'sub1', 'sub2', etc.
d <- data.frame(filename=list.files(pattern = '.csv',full.names = T,recursive = T),
                stringsAsFactors = F)

         filename
1 ./sub1/test.csv
2 ./sub2/test.csv
3 ./sub3/test.csv

# read in CSV files and create subject ID var from filename
dd <- d %>% mutate(data=map(filename,~read_csv(.)),
                   subject=str_split(filename,'/',simplify = T)[,2])

# split dataframe to a list, with subject ID as the name of each element
setNames(split(dd,seq(nrow(dd))),dd$subject)

$sub1
         filename               data subject
1 ./sub1/test.csv this, is, my, data    sub1

$sub2
         filename               data subject
2 ./sub2/test.csv this, is, my, data    sub2

$sub3
         filename               data subject
3 ./sub3/test.csv this, is, my, data    sub3

或者，如果您正在阅读的所有 CSV 文件都具有相同的格式，您可以unnest() 文件来创建一个包含所有主题的大型数据框。

d %>% mutate(data=map(filename,~read_csv(.)),
                   subject=str_split(filename,'/',simplify = T)[,2]) %>% 
  unnest()
         filename subject    a  b  c    d
1 ./sub1/test.csv    sub1 this is my data
2 ./sub2/test.csv    sub2 this is my data
3 ./sub3/test.csv    sub3 this is my data