将 for 循环中的 R 命令和结果通过管道传输到文件

Question

我们希望将 R 脚本的命令和结果记录到文本报告文件中。进入文本文件的管道与sink() 配合良好，但不适用于 for 循环。

脚本被调用

source("myscript.r",echo=TRUE)

我们需要循环将data.frame 的所有行连续提取到一个向量中，并对每个向量进行一些基于向量的分析。 这是一个简短的例子：

#pipe output to file
sink("myfile.txt",append=TRUE,split=TRUE)
#some data
c1<-rnorm(10,mean=90,sd=10) 
c2<-rnorm(10,mean=75,sd=8)
c3<-rnorm(10,mean=98,sd=12)
#data in a data.frame
cData<-data.frame(c1,c2,c3)
#print data.frame
cData  
#loop over frame 
for (i in 1:ncol(cData))  
{
  #extract vector
  x<-cData[,i]
  #do something with vector
  n = length(x)
  #... more code
  #print result
  print(n)    
}
#close output
sink()

我用sink() 和txtStart() 进行了尝试，但是sink() 截断了命令并将结果放在循环之后，txtStart() 似乎重复了命令而不是结果。

我也查看了 brew，但我只需要一个文本文件，没有任何格式。

Answer 1

我建议不要考虑

source("myscript.r",echo=TRUE)

而是根据Rscript（R 自带）

Rscript myscript.r     # on windows, linux or os x

或littler

r myscript.r           # on linux or os x

这使您能够查询命令行参数（通过 CRAN 包 getopt 和 optparse）等等。

Answer 2

一些想法：

循环之后的结果是 R 提供输出的标准方式——这是因为 R 在表达式完成之前不会执行循环。这不是sink 特有的问题。要看到这一点，请执行除sink 命令之外的所有代码 sn-p（因此输出会转到 R 控制台），您将看到相同的效果。为清楚起见，您可以添加一行

cat("Results for iteration", i, "\n")

在for 循环的开始处。

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正如 juba 指出的那样，在这种情况下，您似乎不需要 for 循环 - 矢量化或 apply 会更好。

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在 R 中将代码和输出组合成某种形式的报告的标准方法是使用Sweave。这将创建 Latex 标记，然后您可以将其编译成 PDF 或 PostScript 文档（一旦您设置了一些 Latex 工具，只需付出相当少的努力）。这样做的明显优势是您也可以包含数字。

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编辑：还有 brew package 用于混合文本和代码报告。

Answer 3

我不确定你到底想要什么，特别是为什么你想把源代码放在你的文本文件中。

首先，我最好使用 *apply 系列函数来浏览数据框，而不是 for 循环，尤其是 lapply 和 sapply。

使用以下代码，您将获得输出的三种不同表示形式。第一个应该与您从代码中获得的相似。第二个和第三个有点不同，它们以列表或数据框的形式输出值。

sink("/tmp/myfile.txt", append=TRUE, split=TRUE)

myfunc <- function(v) {
  variance <- var(v)
  mean <- mean(v)
  return(list(variance=variance,mean=mean))
}

myotherfunc <- function(v) {
  cat("And the mean is:\n")
  print(mean(v))
  cat("And the variance is:\n")
  print(var(v))
}

# results printed directly
invisible(lapply(cData, myotherfunc))

# results as a list
lapply(cData, myfunc)

# results as a data frame
sapply(cData, myfunc)


sink()

无论如何，我不知道这些输出之一是否是您正在寻找的。​​p>