DiagrammeR 和 R Markdown pdf：删除图表周围的空间？答案

【问题标题】：DiagrammeR and R Markdown pdf: Remove space around diagram?DiagrammeR 和 R Markdown pdf：删除图表周围的空间？
【发布时间】：2020-08-30 19:05:08
【问题描述】：

我在使用 R Markdown 中的包 DiagrammeR 并将 pdf 指定为输出时遇到了很多问题。我设法显示了图表，但正如您将在下面看到的那样，图表周围有很多空间。

在这里查看我的示例代码：

---
title: "Untitled"
author: "test"
date: "14/05/2020"
output: pdf_document
---

# My Markdown-file
This is my RMarkdown-file. Now I want to add a flowchart using the packages DiagrammeR. 

```{r figure_1, echo = FALSE, fig.align='center', fig.cap = "Flowchart 1: Some explanation"}

DiagrammeR::grViz(" 
      digraph test {

        node [shape = circle] 
          A; B

        A -> B

      }
        ")

```

I now continue writing.

此代码产生以下输出：

注意以下几点：

即使我在代码块中指定了图表不居中，也没有居中。
图表和标题之间存在巨大差距。

如何解决这些问题？我喜欢这些软件包，但是当输出为 pdf 时可能很难使用？也许其他包更好？

【问题讨论】：

也许看看 gmisc 包作为替代方案？
在非 Windows 系统上，如果存在 pdfcrop 实用程序，则默认裁剪 PDF 图形。请参阅?rmarkdown::pdf_document 参数fig_crop。如果您不在 Windows 上，请确保 pdfcrop 在您的路径上。如果你在 Windows 上，事情就更难了：knitr 甚至不会尝试运行它。抱歉，我不在 Windows 上，因此无法为您提供有关如何解决此问题的详细说明。

标签： r pdf-generation r-markdown diagrammer

【解决方案1】：

好问题。我玩了一下markdown chunk options，发现以下解决方法可以嵌入 png 而不是 pdf 图：

---
title: "Untitled"
author: "test"
date: "14/05/2020"
output: 
  pdf_document: 
    keep_tex: yes
---

# My Markdown-file

This is my RMarkdown-file. Now I want to add a flowchart using the packages DiagrammeR.

```{r echo=FALSE, fig.cap = "Flowchart 1: Some explanation", dev='png'}
library("DiagrammeR")
grViz("
      digraph test {
        node [shape = circle]
        A, B

        A -> B
      }
 ")
```

I now continue writing.

Cairo_PDF 等其他设备也可以正常工作，但效果不如预期，只是生成了一个 png。我保留了keep_tex 选项以方便调试。

【讨论】：