【发布时间】：2012-10-11 21:27:11
【问题描述】：
总结
如何将 R raster::plot 的显示限制在 Raster* 对象的范围内？为什么要问：
我是 R 初学者，必须
- 将未投影的（经纬度）全球空间数据从 ASCII 转换为 netCDF（已解决）
- “重新网格化”它：即将数据限制到一个区域，对其进行投影，然后缩小（减小网格单元的大小）（大部分已解决）
不幸的是，在科学工作中，主要是通过视觉检查来进行诸如此类的 QA 数据转换。上面的第 1 步看起来不错。但是尽管第 2 步现在看起来好多了，但我真的想仅绘制重新网格化的 RasterLayer 的边界（或 extents）。我在公共 git 存储库 (here) 中有由 bash 脚本驱动的 R 代码，它执行转换步骤，并绘制转换后的输出 apparently correctly。但是，我尝试使用 raster::plot 绘制重新网格化的输出并不完全正确（请参阅输出的前 3 页 here）。
如何解决？
详情
背景
我需要获取一些数据（全球海洋排放清单 (EI)），将其与其他数据（主要是其他 EI）相结合，然后将其输入到模型中。该模型想要使用 netCDF，并且它希望 netCDF 在空间域上略大于连续的美国 (CONUS)。此图像 的边界是域的边界。 （请注意，域的一部分，但只有一部分是海洋的。）该模型还希望 netCDF 以某种方式投影（LCC，分辨率为 12 公里）。我将其视为 2 个独立的问题：
- 将全局 EI 从其原生 ASCII 格式转换为 netCDF
- “重新网格化”netCDF 从全局/未投影到缩小（更精细）的投影子域。
我正在尝试使用我在this public git repository 存档的代码来解决这些问题。如果您克隆该 git 存储库，然后按照“第一个示例”in the README 的描述配置/运行 bash 驱动程序GEIA_to_netCDF.sh（并假设您的 R 已正确配置，特别是使用 packages=raster、ncdf4）它将输出 netCDF 并绘制（使用fields::image.plot）输出到PDF，它应该看起来像这样：。输出数据的分布看起来是正确的，所以问题 1 似乎解决了。
问题
解决问题 2（又名“第二个示例”in the README）似乎需要 R package=raster。我的 bash 驱动程序 regrid_GEIA_netCDF.sh 调用 regrid.global.to.AQMEII.r（两者都是 in repository），它运行时没有错误，并显示其输出的 PDF。 GEIA_N2O_oceanic_regrid.pdf由4页组成，对应regrid.global.to.AQMEII.r末尾的4个代码块。这里只有前 3 页是相关的（第 4 页尝试使用fields::image.plot 并且有更大的问题）。
Page=1/4 来自重新网格化输出的简单 raster::plot，加上来自 wrld_simpl 的 CONUS 地图的投影版本：
plot(out.raster)
plot(map.us.proj, add=TRUE)
不幸的是，输出看起来是全局的，或者几乎是全局的： 但是输出重新网格化到的所需域要小得多：。所以我有 3 个问题（1 个主要问题，2 个后续问题）：
- 默认情况下
raster::plot显示的图像是否仅显示其参数中给出的RasterLayer的范围？ - 如果是这样，我的 regrid 出了什么问题？ （更多下文）
- 如果不是（即，如果
raster::plot默认显示更多超过其RasterLayer的范围），如何使raster::plot仅显示RasterLayer的范围？
regrid.global.to.AQMEII.r (here) 中执行重新网格化的代码似乎得到了正确的输出：
out.crs <- '+proj=lcc +lat_1=33 +lat_2=45 +lat_0=40 +lon_0=-97 +x_0=-2556000 +y_0=-1728000'
请注意，CRS 似乎与给定 here 的输出域的定义相匹配。 （进入链接页面后，滚动浏览地图。）
out.raster <-
projectRaster(
from=in.raster, to=template.raster, method='bilinear', crs=out.crs,
overwrite=TRUE, progress='window', format='CDF',
# args from writeRaster
NAflag=-999.0, # match emi_n2o:missing_value,_FillValue (TODO: copy)
varname=data.var.name,
varunit='ton N2O-N/yr',
longname='N2O emissions',
xname='COL',
yname='ROW',
filename=out.fp)
out.raster
# made with CRS
#> class : RasterLayer
#> dimensions : 299, 459, 137241 (nrow, ncol, ncell)
#> resolution : 53369.55, 56883.69 (x, y)
#> extent : -14802449, 9694173, -6258782, 10749443 (xmin, xmax, ymin, ymax)
# ??? why still proj=longlat ???
#> coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
#> data source : /home/rtd/code/R/GEIA_to_netCDF/GEIA_N2O_oceanic_regrid.nc
#> names : N2O.emissions
#> zvar : emi_n2o
但是，如前所述，regrid 输出 (out.raster) 在其 CRS 中显示为 lon-lat：我不确定这是为什么，或者它是否暗示 out.raster 在范围内是全局的。
我还尝试通过两种方式限制情节本身：
首先，我尝试在情节中添加extents，即，
plot(out.raster, ext=template.raster)
plot(map.us.proj, add=TRUE)
生成页面=2/4 of the PDF。不幸的是，这根本不会改变输出：AFAICS，它与 page=1/4（上图）完全相同。
其次，我尝试使用 raster::crop 绑定重新网格化的 netCDF 本身，然后使用与绑定重新网格相同的 RasterLayer 对象 (template.raster)：
template.raster.extent <- extent(template.raster)
out.raster.crop <-
# overwrite the uncropped file
crop(out.raster, template.raster.extent, filename=out.fp, overwrite=TRUE)
...
plot(out.raster.crop)
plot(map.us.proj, add=TRUE)
生成页面=3/4 of the PDF。不幸的是，它显然也与 page=1/4（上图）完全相同。
（如果您想知道，PDF 的第 4 页是使用 fields::image.plot 生成的，它有一个不同的问题，描述为 here，除非 StackOverflow 破坏了该链接。）
感谢您对这位 R 新手的帮助！
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