从 R 中的 CSV 读取数据并在箱线图中将其可视化答案

【问题标题】：Read data from CSV in R and visualize it in a Boxplot从 R 中的 CSV 读取数据并在箱线图中将其可视化
【发布时间】：2021-02-17 15:32:47
【问题描述】：

我想从 csv 文件中读取 R 中的一些数据，然后以箱线图的形式进行可视化。我总是收到一些数据不是数字的错误：Error in mkRespMod(fr, REML = REMLpass) : response must be numeric。

这是我在 R 中的代码：

library(tidyverse)
library(lme4)
library(emmeans)
library(multcomp)


# set vector with colors and label
COL <- c("Fallow" = "slategray", "Mustard" = "red3" , "Mix4" = "orchid3", "Mix12"= "orange4")
SHP <- c("Fallow"=21,"Mustard"=22,"Mix4"=23, "Mix12"=24)


# generate data frame with original data
data <- read.csv("C:\\Users\\alex\\data.csv", header=T, sep = ';')



datalm_NEE <- lmer(NEE ~ cc_variant + (1|Date), data=data)
df_NEE <- cld(emmeans(lm_NEE, specs ="cc_variant"), Letters=letters, sort=FALSE)

# Plot for BFS
  fig1 <- ggplot(data, aes(x= cc_variant, y=NEE, fill= cc_variant))+
  geom_boxplot()+
  scale_fill_manual(values = COL, guide=FALSE)+
  geom_text(data= df_NEE ,aes(y=-600,x=cc_variant, label=.group))+
  labs(x="Catch crop variant",  y=expression("NEE (mg CO"[2]~"- C"~m^{-2}~h^{-1}~")"), fill="")+
  theme_myBW

ggsave("Fig1.png", width = 84, height = 70, units = "mm", dpi = 600)

这是我的数据框：

cc_variant       Date        NEE
1      Fallow 2016-10-18   52.31861
2      Fallow 2016-10-19   36.75274
3      Fallow 2016-10-24   34.59082
4        Mix4 2016-10-18 -516.86837
5       Mix12 2016-10-18 -617.11000
6     Mustard 2016-10-18 -182.24568
7        Mix4 2016-10-19 -102.63776
8       Mix12 2016-10-19 -431.55887
9     Mustard 2016-10-19 -139.04121
10    Mustard 2016-10-24 -114.09939
11      Mix12 2016-10-24 -400.21260
12       Mix4 2016-10-24 -175.33208

这就是我创建 csv 文件的方式：

【问题讨论】：

看起来NEE 列中的值包含多个. 字符，导致该列被读取为类型字符，而不是数字。
@neilfws 感谢您的回复，我只是从 R Studio 输出中复制了显示的值，我会尝试删除该点并让您知道
@neilfws 实际上没有 .在值中，这仅显示在表格中，但是当您单击它时，它将消失
class(data$NEE) 说什么？
@neilfws [1] "字符"

标签： r dataframe csv plot boxplot

【解决方案1】：

您有分号分隔的数据，因此请使用read.csv2 或read.csv 和分号作为分隔符。假设不需要第一个点，我们可以删除它们并将数据转换为数字。

data <- read.csv2('data.csv')
data$NEE <- as.numeric(sub('.', '', data$NEE, fixed = TRUE))
lm_NEE <- lmer(NEE ~ cc_variant + (1|Date), data=data)

这修复了第一步，但在下一步失败，cld，不确定那里的问题。

【讨论】：