用 GGPLOT2 制作的箱线图的一半

Question

我正在使用 ggplot2 包制作箱线图，但是，由于某些外部原因，箱线图只有一半用于“控制”和“商业 IMD”处理。

见下文，当使用“箱线图”功能制作图表时，图表正常完成。

mediasCon = tapply(dados$CS, dados$Trat, mean)
boxplot(dados$CS ~ dados$Trat, data = dados, col="gray", 
        xlab = 'Tratamentos', ylab = 'Espermatozoides - Cabeça Solta')
points(1:3, mediasCon, col = 'Red', pch = 16)

但是，当使用 GGPLOT2 函数制作相同的图表时，看到前两个处理只完成了一半的图表，为什么会出现这种情况？

另外，如何使用 ggplot2 函数添加箱线图“尾巴”？

library(ggplot2)
ggplot(data=dados, aes(x=Trat, y=CS)) + geom_boxplot(fill=c("#DEEBF7","#2171B5","#034E7B"),color="black") +
  xlab('Tratamentos') +
  ylab('Espermatozoides - Cabeça Solta') + 
  stat_summary(fun=mean, colour="black", geom="point", 
               shape=18, size=5) + 
                     theme(axis.title = element_text(size = 20),
                     axis.text = element_text(size = 16)) 

Answer 1

如果您查看?geom_boxplot 下的帮助文件，您会看到：

上下铰链对应于第一个和第三个四分位数（第 25 个和第 75 个百分位数）。这与 boxplot() 函数使用的方法略有不同，并且在小样本中可能很明显。有关如何为 boxplot() 计算铰链位置的更多信息，请参阅 boxplot.stats()。

在您的情况下，IMD Commercial 的 4 个条目是 c(0, 1, 1, 1)，这肯定是一个小样本。

解决此问题的一种方法是计算您希望铰链的位置并将该数据传递给ggplot，使用stat = "identity"。这使得代码有点复杂，但是当您尝试修改默认行为时通常会出现这种情况：

library(ggplot2)
library(dplyr)

dados %>%
  group_by(Trat) %>%
  summarize(median = median(CS), mean = mean(CS),
            upper = quantile(CS, 0.75, type = 2),
            lower = quantile(CS, 0.25, type = 2),
            max = max(CS), min = min(CS)) %>%
  ggplot(aes(x = Trat, y = mean, fill = Trat)) + 
  geom_boxplot(aes(ymin = min, lower = lower, 
                   middle = median, upper = upper, ymax = max),
               stat = "identity", color = "black") +
  geom_point(size = 3, shape = 21, fill = "red") +
  scale_fill_manual(values = c("#DEEBF7","#2171B5","#034E7B")) +
  theme_classic() +
  xlab('Tratamentos') +
  ylab('Espermatozoides - Cabeça Solta')