图例/图例不匹配

Question

首先，抱歉，我知道这个问题之前已经被问过，但我发现的解决方案似乎都不适合我...... R 将顽固地拒绝在我的传说中绘制正确的颜色

我有以下数据

V11.y PC1 PC2 V6.y V7.y V8.y V9.y V10.y
1 Abditibacterium -7.528935e+14 -3.092266e+14 Bacteria Abditibacteriota Abditibacteria Abditibacteriales Abitibacteriaceae
2 Abidjanvirus -7.557715e+14 -3.109203e+13 Viruses unclassified unclassified Caudovirales Siphoviridae
3 Abiotrophia -7.491173e+14 -3.047456e+14 Bacteria Firmicutes Bacilli Lactobacillales Aerococcaceae
4 Abrus -7.557715e+14 -3.109203e+14 Eukaryota Streptophyta Magnoliopsida Fabales Fabaceae
5 Abscondita -7.537974e+14 -3.098546e+14 Eukaryota Arthropoda Insecta Coleoptera Lampyridae
6 Absicoccus -5.600170e+13 -1.933629e+14 Bacteria Firmicutes Erysipelotrichia Erysipelotrichales Erysipelotrichaceae
7 Absidia -7.555506e+14 -3.105756e+14 Eukaryota Mucoromycota Mucoromycetes Mucorales Cunninghamellaceae
8 Absiella -2.072363e+14 7.305995e+14 Bacteria Firmicutes Erysipelotrichia Erysipelotrichales Erysipelotrichaceae
9 Abyssibacter -7.543130e+14 -3.103792e+14 Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Salinisphaerales Salinisphaeraceae
10 Abyssicoccus -7.511899e+14 -3.069448e+14 Bacteria Firmicutes Bacilli Bacillales Staphylococcaceae
11 Abyssisolibacter -7.067138e+14 -2.700463e+14 Bacteria Firmicutes Clostridia Clostridiales Clostridiaceae
12 Acadevirus -7.557715e+14 -3.109203e+13 Viruses Uroviricota Caudoviricetes Caudovirales Autographiviridae
13 Acanthamoeba -7.534538e+14 -3.101502e+14 Eukaryota Discosea unclassified Longamoebia Acanthamoebidae
14 Acanthaster -7.557668e+13 -3.109202e+14 Eukaryota Echinodermata Asteroidea Valvatida Acanthasteridae

这只是 4600 行中的前 14 行

我正在尝试使用 PC1 和 PC2 坐标绘制 V11.y，并使用 V6.y 或 V7.y 甚至使用 V8.y 对它们进行着色。

这是我一直在尝试的：

plot(sitesplus$PC1, sitesplus$PC2, type="n")

sitesplus$V6.y=as.factor(sitesplus$V6.y)
text(sitesplus$PC1, sitesplus$PC2, labels = sitesplus$V11.y, col=c(sitesplus$V6.y))

legend("topleft",
   legend=sort(unique(sitesplus$V6.y)), 
   col=c(sitesplus$V6.y),
   pch=19,
   text.font=c(1),
   cex=1,
   bty="n")

我可以看到“细菌”是黑色的，“病毒”是绿色的，“真核生物”是红色的。但是传说中的说法完全不同！

我也试过了：

legend("topleft",
   legend=levels(sitesplus$V6.y), 
   col=c(sitesplus$V6.y),
   pch=19,
   text.font=c(1),
   cex=1,
   bty="n")

即使在上述情况下，我知道“级别”会改变顺序，但我无法找到一个简单的解决方案来完成这项工作！！！

顺便说一句，我无法指定 4 种颜色，因为这只是一个示例，并且在某些时候我将有数百个不同的级别要绘制，因此提前指定颜色对我不起作用。

任何帮助将不胜感激，谢谢。

Answer 1

当您调用 text、PC1、PC2 和 V6.y（col= 的参数）时，长度都相同。在您对legend 的调用中，您仍然为col 包含相同长度的V6.y，即使它确实需要长度为3（在这种情况下），每个levels 中的一个（唯一）颜色变量。

它显示了它做了什么，因为图例的文本只包含 3 个对象，所以它从 factor 中获取前三个整数。在这个示例数据中，它是c("Bacteria","Viruses","Bacteria")，或c(1,3,1)（黑绿黑）。

试试这个，

plot(sitesplus$PC1, sitesplus$PC2, type="n")
text(sitesplus$PC1, sitesplus$PC2, labels = sitesplus$V11.y, col=c(sitesplus$V6.y))
legend("topleft",
   legend=levels(sitesplus$V6.y), 
   col=seq_along(levels(sitesplus$V6.y)),
   pch=19,
   text.font=c(1),
   cex=1,
   bty="n")