无法使用 ggtree 绘制 hclust 对象答案

【问题标题】：Unable to plot hclust object with ggtree无法使用 ggtree 绘制 hclust 对象
【发布时间】：2020-07-10 08:36:43
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggtree 从 hclust 对象绘制树状图，但我不断收到相同的错误消息：

Error: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust

我一直在广泛寻找解决方案，但没有找到。此外，我了解到ggtree does support hclust 对象，这让我更加困惑。来自here：

ggtree 包支持大部分层次聚类在 R 社区中定义的对象，包括 hclust 和 dendrogram 为以及集群包中定义的agnes、diana和twins。

我从上面的链接中借用了一个可重现的例子：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

这又给了我上述错误。如果我使用rlang::last_error() 来获取一些上下文，我会得到：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
 1. ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 3. ggplot2:::ggplot.default(...)
 5. ggplot2:::fortify.default(data, ...)

如果我使用 rlang::last_trace() 来获取更多信息：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
    x
 1. \-ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 2.   +-ggplot2::ggplot(...)
 3.   \-ggplot2:::ggplot.default(...)
 4.     +-ggplot2::fortify(data, ...)
 5.     \-ggplot2:::fortify.default(data, ...)

但我真的可以看出哪里不对了……

【问题讨论】：

所以，最终，你的data 是一个data.frame，因为这似乎是可以通过的。

标签： r hclust ggtree

【解决方案1】：

我已经设法解决了我的问题。我会发布它以防将来对其他人有帮助。

显然，我运行的是旧版本的 ggtree，当我从 Bioconductor 重新安装 ggtree 时，它没有正确更新，我不知道为什么。无论如何，我尝试通过在安装调用中明确设置version 参数来重新安装它：

BiocManager::install("ggtree", version = "3.10")

然后我可以成功运行我的可重现示例：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

请注意，作为以前的解决方法，我设法用ggtree 绘制hcluster 对象，方法是将其转换为phylo 对象，并使用ape 包中的as.phylo() 函数：

hc <- hclust(dist(mtcars))
hc <- ape::as.phylo(hc)
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

【讨论】：