ggtree 高亮后面的进化枝答案

【问题标题】：ggtree highlight clades behindggtree 高亮后面的进化枝
【发布时间】：2020-10-12 02:21:49
【问题描述】：

我正在使用 R 包 ggtree 研究系统发育树，并希望突出显示节点。

我的树存放在p中，我要突出显示的节点在G10中。

p <- ggtree(tree, right=T, layout="circular")
G10 <- findMRCA(tree, c("genome1","genome2","genome3","genome4"), type=c("node"))

我像这样突出显示节点：

p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)

我想使用alpha=1 来获得漂亮、强烈的颜色，但是这种颜色会覆盖/隐藏树中的尖端，因此您看不到它们（见图）。有没有办法绘制这个，所以突出显示在树后面，这样我仍然可以看到提示？

编辑：我还没有找到一个好的解决方案，但我想出了一个暂时的解决方法：

创建两个图：树p + theme_transparent() 的透明图和带有突出显示的树p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1) 并将透明图覆盖在PowerPoint 中突出显示的图上并保存。

【问题讨论】：

您好，如果您发布一个完整工作（最小）的示例，我和其他人可能会更容易提供帮助。目前，没有用于创建tree 或感兴趣的节点的代码。是否可以调用rtree 来创建一棵树，用它可以重现此问题？

标签： r highlight ggtree geom

【解决方案1】：

您可以调整树层和高光层的顺序。 ggtree 继承了 ggplot2 的特性。您可以使用ggtree(tr) 或ggplot(tr) + geom_tree() 来绘制您的树。所以可以参考下面的代码。

library(ggtree)
library(ggplot2)

set.seed(1024)

tr <- rtree(20)

p <- ggplot(tr) +
     geom_hilight(node=24,alpha=1,fill="forestgreen") +
     geom_tree(layout="roundrect") +
     geom_tiplab(size=4, hjust=0)
p

enter image description here

【讨论】：