如何绘制 3 组比例维恩/欧拉图？答案

【问题标题】：How to plot a 3 set proportional Venn/Euler diagram?如何绘制 3 组比例维恩/欧拉图？
【发布时间】：2013-01-17 17:38:05
【问题描述】：

我有一组微阵列数据，我想按照附图（用PowerPoint完成）来表示。我已经尝试了可用于 R 的各种软件包（VennDiagram、venneuler、limma）。但是，我无法按比例绘制数据或显示值。

有人知道怎么做吗？

可以在下面找到要玩的代码！

谢谢！

# you might need these:
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
library(VennDiagram)
library(limma)
library(venneuler)

# Trial 1: Kind of proportional but difficult to customize for labels and other stuff
su <- venneuler(c(A=162, B=104, C=86, "A&B"=206, "A&C"=112, "B&C"=90 ,"A&B&C"=2433))
plot(su)

# Trial 2: looks nice but not proportional
hw <- c(F,F,F,F,T,T,T,T)
hm <- c(F,F,T,T,F,F,T,T)
hr <- c(F,T,F,T,F,T,F,T)
c4 <- cbind(hw,hm,hr)
e <- vennCounts(c4)
e[1:8,4] <- c(3193,86,104,90,162,112,206,2433)
vennDiagram(e)

【问题讨论】：

我不认为维恩图旨在显示比例区域。无论如何，您的读者几乎不可能以有意义的方式解释重叠的相关区域。如果可以的话，您一开始就不需要这些数字。我的建议是退后一步，想想你想要传达的主要信息，并调整（必要时手动）图形以突出显示该信息。 ——是的，Ed Tufte 是我的先知 :-)
我认为在某些情况下使用比例可能会有所帮助，尽管并非完全如此。
venneuler 的文档很差，但是你可以用su$labels = c("Foo", "Bar", "Baz") 修改标签，用su$colors = c(0.1, 0.44, 0.3) 修改颜色等。但是，我认为不可能绘制比例维恩图三组使用圆圈。只有六个参数（三个半径，以及连接圆心的三角形的三个边），它们试图代表七个不同的区域。但是，它可能（？）可能与其他形状一起使用，例如省略号。我找到了eulerAPE，但对我来说效果不佳。

标签： r plot venn-diagram

【解决方案1】：

我会推荐 VennDiagram 包： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

在 pake 19 中，您会发现 10 个非常好的示例（包括高级示例和简化示例）。到目前为止，我还没有发现任何我需要它做的不能做的事情。

作为对最终来到这里的其他人的一般帮助（与此问题不直接相关，但相关），我建议使用 this search 寻找您的答案

【讨论】：

【解决方案2】：

使用我的nVennR 包，这可以通过两种方式完成，如vignette 所示。在这个例子中，

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c('A', 'B', 'C'), sSizes = c(0, 86, 104, 90, 162, 112, 206, 2433))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV)

包可以代表更多的集合。

【讨论】：