调试 lapply/sapply 调用答案

【问题标题】：Debugging lapply/sapply calls调试 lapply/sapply 调用
【发布时间】：2010-11-26 14:34:40
【问题描述】：

使用 lapply 和friends 编写的代码通常比循环更容易看，也更Rish。我和下一个人一样喜欢 lapply，但是当出现问题时我该如何调试它呢？例如：

> ## a list composed of numeric elements 
> x <- as.list(-2:2)
> ## turn one of the elements into characters
> x[[2]] <- "what?!?"
> 
> ## using sapply
> sapply(x, function(x) 1/x)
Error in 1/x : non-numeric argument to binary operator

如果我使用了 for 循环：

> y <- rep(NA, length(x))
> for (i in 1:length(x)) {
+     y[i] <-  1/x[[i]]
+ }
Error in 1/x[[i]] : non-numeric argument to binary operator

但我会知道错误发生在哪里：

> i
[1] 2

使用 lapply/sapply 时应该怎么做？

【问题讨论】：

这可能是一个不受欢迎的回应，但经过 15 年的 R 开发，我几乎总是发现暂时转换为 for 循环以找到破坏我的代码的边缘情况更容易。此外，从 for 循环开始而不是 sapply/lapply 可以简化您的初始过程（您可以在重要时重构代码以提高速度/性能 - 但首先它需要工作！）

标签： r

【解决方案1】：

在这种情况下使用调试或浏览器不是一个好主意，因为它会频繁地停止您的代码。请改用 Try 或 TryCatch，并在出现情况时处理。

【讨论】：

【解决方案2】：

就像 geoffjentry 说的：

> sapply(x, function(x) {
  res <- tryCatch(1 / x,
                  error=function(e) {
                          cat("Failed on x = ", x, "\n", sep="") ## browser()
                          stop(e)
                        })
})

另外，你的 for 循环可以重写得更简洁（可能慢一点）：

> y <- NULL
> for (xi in x)
    y <- c(y, 1 / xi)

Error in 1/xi : non-numeric argument to binary operator

R 中的 For 循环很慢，但除非你真的需要速度，否则我会使用简单的迭代方法来解决令人困惑的列表理解。

如果我需要即时找出一些代码，我总是会去：

sapply(x, function(x) {
  browser()
  ...
})

然后从函数内部编写代码，以便我看到我得到了什么。

-- 丹

【讨论】：

对 for 循环的错误调用。这会使事情大大变慢。
@hadley ...因为在每个循环步骤中都需要重新分配整个数组（保留内存，复制旧数据）:) y <- numeric(length(x)) 应该是最快的预分配方式。

【解决方案3】：

我也遇到过同样的问题，并且倾向于使用 (l)(m)(s)(t) 调用我可以调试的函数。

所以，不是废话

我会说，

 myfn<-function(x){x+1}
 blah<-sapply(x,function(x){myfn(x)})

并使用带有选项的调试（myfn）（错误=恢复）。

我也喜欢关于在这里和那里粘贴 print() 行以查看发生了什么的建议。

更好的方法是设计一个必须通过的 myfn(x) 测试，并确保它在对其进行 sapply 之前通过所述测试。我只有大约一半的时间对此有耐心。

【讨论】：

或者只是blah<-sapply(x, mfn)。你不应该同时需要debug 和恢复`

【解决方案4】：

使用标准的 R 调试技术在错误发生时准确停止：

options(error = browser)

或

options(error = recover)

完成后，恢复标准行为：

options(error = NULL)

【讨论】：

【解决方案5】：

使用 plyr 包，.inform = TRUE:

library(plyr)
laply(x, function(x) 1/x, .inform = TRUE)

【讨论】：

【解决方案6】：

你可以 debug() 函数，或者在 body 中放一个 browser()。仅当您没有大量迭代需要完成时，这才特别有用。

另外，我没有亲自这样做，但我怀疑您可以将 browser() 作为 tryCatch() 的一部分放入，这样当生成错误时，您可以使用 browser() 接口。

【讨论】：

【解决方案7】：

如果你用 try() 语句包装你的内部函数，你会得到更多信息：

> sapply(x, function(x) try(1/x))
Error in 1/x : non-numeric argument to binary operator
[1] "-0.5"                                                    
[2] "Error in 1/x : non-numeric argument to binary operator\n"
[3] "Inf"                                                     
[4] "1"                                                       
[5] "0.5"

在这种情况下，您可以看到哪个索引失败。

【讨论】：