R heatmap.2键颜色答案

【问题标题】：R heatmap.2 key colourR heatmap.2键颜色
【发布时间】：2013-12-28 19:17:17
【问题描述】：

我正在使用 heatmap.2 创建热图，并且对颜色键的比例有疑问。我已将 log10 应用于我的数据并且有一些负值。但是，颜色键在 0 和 0.3 之间缩放。这个尺度是从哪里来的？

library(gplots)
scalewhitered <- colorRampPalette(c("white", "red"), space = "rgb")(255)
heatmap.2(as.matrix(log10_normalised),Rowv=T, Colv=F,scale="none",     trace="none",labRow=rownames(log10_normalised), col=scalewhitered, xlab="", ylab="", mar=c(10,10))

是否可以将所有 0 值设为白色，然后将非零数字（包括负数）显示为不同深浅的红色？非常感谢。

【问题讨论】：

标签： r statistics bioinformatics heatmap

【解决方案1】：

这里的想法是创建您自己的色标（基本上您必须定义颜色的范围）。您可以使用 RColorBrewer 包中的 colorRampPalette：

http://cran.r-project.org/web/packages/RColorBrewer/

查看以下链接，他们在其中找到了解决方案：

How to change heatmap.2 color range in R?

【讨论】：