循环矩阵答案

【问题标题】：Looping over matrices循环矩阵
【发布时间】：2021-08-02 08:13:49
【问题描述】：

感谢您的帮助！

我有 2 个矩阵：Mx1 和 Mx2 我想通过在 R 环境中循环选定的矩阵来使用 pheatmap 制作热图

我试过了：

Matrices_list <- c(Mx1, Mx2)
for( i in Matrices_list_list ){pheatmap(i, filename= "i.pdf")}

但显然不起作用问题是 Df_list 现在是两个 Mx 的合并，而不是我无法循环的 2 个不同数据集。它在组合 Df_list 的每个元素中循环

期望的输出：

pheatmap(Mx1, filename="Mx1.pdf")
pheatmap(Mx2, filename="Mx2.pdf")

再次感谢您的帮助:)

【问题讨论】：

matrices_list <- list(Mx1 = Mx1, Mx2 = Mx2) ; for(i in names(matrices_list)) pheatma(matrices_list[[i]], filename = paste0(i, ".png"))

标签： r loops environment pheatmap

【解决方案1】：

matrix 是带有dimension 属性的vector（通常是二维的）。在两个矩阵上使用c 函数，删除维度属性并返回单个一维向量，其中length 等于length(Mx1) + length(Mx2)。

如 cmets 所示，如果我们需要将 matrix 保留为自身，则将其存储在 list 中，并将 names 属性作为各个矩阵的对象名称。使用dplyr::lst，默认情况下它会生成list 的names 作为对象名称

library(dplyr)
Matrices_list <- lst(Mx1, Mx2)

关于 OP 帖子中使用的 for 循环

for(i in Matrices_list ){...

i 是单独的矩阵元素，它没有任何名称属性。这可以另外描述为for 每个循环，即对于“矩阵列表”的每个元素“x”。在其他语言（例如 C++）中，for each 语法将是

for(auto i : Matrices_list) {...

不是循环遍历对象元素，而是遍历序列

for(i in seq_along(Matrices_list)) {...

或names 属性，提取这些元素和相应的名称来构造文件名。

使用 tidyverse，我们可以使用 imap 或 iwalk 与矩阵元素 .x 和 .y 的名称 list 或索引（如果名称不存在）

library(purrr)
library(stringr)
imap(Matrices_list, ~ pheatmap(.x, filename = str_c(.y, ".pdf")))
iwalk(Matrices_list, ~ pheatmap(.x, filename = str_c(.y, ".pdf")))

imap/iwalk 的不同之处在于iwalk 不会在控制台上打印返回值。

【讨论】：