R：cor() 和 corrplot() 中的错误答案

【问题标题】：R: errors in cor() and corrplot()R：cor() 和 corrplot() 中的错误
【发布时间】：2016-08-06 17:10:59
【问题描述】：

另一个绊脚石。我有一大组数据（称为“明亮”），大约有 180k 行和 165 列。我正在尝试在 R 中创建这些列的相关矩阵。

出现了几个问题，我无法通过本网站和其他网站上提出的建议来解决这些问题。

首先，我是如何创建数据集的：我将它保存为 Excel 中的 CSV 文件。我的理解是 CSV 应该删除任何格式，这样任何数字都应该被 R 读取为数字。我用

加载它

brightly = read.csv("brightly.csv", header=TRUE)

但我每次运行 cor（明亮地）时都会收到“'x' must be numeric”错误消息，所以我用 0 替换了所有 NA。（这可能会改变我的数据，但我认为没关系——任何“NA”实际上都是 0，无论是对于连续变量还是虚拟变量。）

现在我不再收到有关文本的错误消息。但是任何时候我运行 cor()——同时对所有变量或变量组合运行——我都会收到“警告消息：在 cor(brightly$PPV, brightly, 使用 = "complete") ：标准差为零”

我还发现一个变量与其他变量的一些相关性显示为“NA”。我已经确保数据中没有单元格是“NA”，所以我不知道为什么我会得到相关性的“NA”值。

我还尝试了以下两种方法，以确保我没有包含任何 NA 值：

cor(brightly$PPV, Brightly, use = "pairwise.complete.obs")

和

cor(brightly$PPV,brightly,use="complete")

但我仍然收到有关 SD 为零的警告，并且我仍然收到 NA。

关于为什么会发生这种情况的任何见解？

最后，当我尝试进行 corrplot 以显示相关性的结果时，我执行以下操作：

brightly2 1 + .Machine$double.eps) { 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

我没有制作漂亮的颜色编码相关矩阵，而是得到了这个。我还没有找到解释这意味着什么。

任何帮助将不胜感激！非常感谢！！

【问题讨论】：

以brightly 的形式读入您的数据，并将str(brightly) 的输出粘贴到您的问题中，无论是否包含NA。
只是澄清一下——在我上面“明亮”的所有地方，你想让我改用“str(brightly)”，在 R 中运行相同的代码，然后将输出粘贴到这里？绝对可以，只是想确保我在做正确的事。谢谢！
我建议您在记事本中打开 csv 文件并查看您的数字列。列是否包含带逗号的数字？

【解决方案1】：

请检查您是否将 NA 替换为 0 或“0”，因为一个是字符，另一个是整数。或者您甚至可以尝试使用 as.numeric(column_name) 函数将您的 char 0 转换为 int 0。如果您的数据集有因子，也会发生此错误，因为这些不是 int 值 corrplot 会引发此错误。使用

将数据样本放入问题中会很有帮助

str(head(your_dataset))

这将有助于您检查列的数据类型。让我知道我是否错了。干杯。

【讨论】：