相关 Corrplot 配置

Question

我是 R 脚本的新手 :-)

我需要建立一个相关矩阵，并且我正在尝试配置一些参数以适应图表。我正在使用corrplot 包。

我以这种方式构建了一个 corrplot 矩阵：

corrplot(cor(d1[,2:14], d1[,2:14]), method=c("color"),
         bg = "white", addgrid.col = "gray50", 
         tl.cex=1, type="lower", tl.col = "black", 
         col = colorRampPalette(c("red","white","blue"))(100))

我需要在我构建的颜色矩阵内的下部矩阵中显示相关值。我该怎么做？

是否可以从下矩阵中排除主对角线？在这个对角线中，我们总是有完美的相关性。

另一个疑问 - 我想使用星号而不是正方形来显示相关性的显着值。喜欢 （*， ， *）。有可能吗？

你们能帮帮我吗？

Answer 1

通过一些hackery，你可以在一个非常相似的R包中做到这一点，corrgram。这使您可以轻松定义自己的面板功能，并有助于使其易于作为模板查看。这是生成的一些代码和图形：

set.seed(42)
library(corrgram)

# This panel adds significance starts, or NS for not significant
panel.signif <-  function (x, y, corr = NULL, col.regions, digits = 2, cex.cor, 
                           ...) {
  usr <- par("usr")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided")
  est <- results$p.value
  stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
                  ifelse(est < 5e-3, "**", 
                         ifelse(est < 5e-2, "*", "NS")))
  cex.cor <- 0.4/strwidth(stars)
  text(0.5, 0.5, stars, cex = cex.cor)
}

# This panel combines edits the "shade" panel from the package
# to overlay the correlation value as requested
panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{
  if (is.null(corr)) 
    corr <- cor(x, y, use = "pair")
  ncol <- 14
  pal <- col.regions(ncol)
  col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
                                               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE))
  usr <- par("usr")
  rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
       border = NA)
  box(col = "lightgray")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f")
  cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx")
  text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor)
}

# Generate some sample data
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10)

# Call the corrgram function with the new panel functions
# NB: call on the data, not the correlation matrix
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
         upper.panel=panel.signif)

代码不是很干净，因为它主要是从包中拼凑起来的功能，但它应该为您提供一个良好的开端，以获得您想要的情节。或许您也可以对 corrplot 包采取类似的方法。

更新：这是一个在同一个三角形上带有星星和cor的版本：

panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{
  corr <- cor(x, y, use = "pair")
  results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided")
  est <- results$p.value
  stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
                  ifelse(est < 5e-3, "**", 
                         ifelse(est < 5e-2, "*", "")))
  ncol <- 14
  pal <- col.regions(ncol)
  col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
                                               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE))
  usr <- par("usr")
  rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
       border = NA)
  box(col = "lightgray")
  on.exit(par(usr))
  par(usr = c(0, 1, 0, 1))
  r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f")
  cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx")
  fonts <- ifelse(stars != "", 2,1)
  # option 1: stars:
  text(0.5, 0.4, paste0(r,"\n", stars), cex = cex.cor)
  # option 2: bolding:
  #text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor, font=fonts)
}

# Generate some sample data
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10)

# Call the corrgram function with the new panel functions
# NB: call on the data, not the correlation matrix
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
         upper.panel=NULL)

还注释掉了另一种显示重要性的方式，它将加粗低于阈值的那些，而不是使用星号。这样可能会更清楚，具体取决于您要显示的内容。