在 R 中捕获了段错误

Question

每次我尝试运行 ggplot2 包 (1.0.0) 中的任何绘图功能时都会收到 caught segfault 错误。我已经用qplot、geom_dotplot、geom_histogram 等进行了尝试。包中的数据（例如diamonds 或economics）工作得很好。

我在 Mac OS 10.9.4（最新版本）和 R 3.1.1（也是最新版本）上运行。使用标准 R GUI、RStudio 以及从命令行使用 R 时，我遇到了同样的错误。该命令会调出默认图形设备（用于 R GUI 和命令行的 Quartz），但也会出现终端错误。

library(ggplot2)
qplot(1:10)

给我错误：

*** caught segfault ***
address 0x18, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("plyr_split_indices", PACKAGE = "plyr", group, n)
 2: split_indices(scale_id, n)
 3: scale_apply(layer_data, x_vars, scale_train, SCALE_X, panel$x_scales)
 4: train_position(panel, data, scale_x(), scale_y())
 5: ggplot_build(x)
 6: print.ggplot(list(data = list(), layers = list(<environment>),     scales = <S4 object of class "Scales">, mapping = list(x = 1:3),     theme = list(), coordinates = list(limits = list(x = NULL,         y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE), plot_env = <environment>,     labels = list(x = "1:3", y = "count")))
 7: print(list(data = list(), layers = list(<environment>), scales = <S4 object of class "Scales">,     mapping = list(x = 1:3), theme = list(), coordinates = list(        limits = list(x = NULL, y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE),     plot_env = <environment>, labels = list(x = "1:3", y = "count")))

Possible actions:

 1: abort (with core dump, if enabled)
 2: normal R exit
 3: exit R without saving workspace
 4: exit R saving workspace

这是我的会话信息：

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_1.0.0 marelac_2.1.3 seacarb_3.0   shape_1.4.1   beepr_1.1     birk_1.1     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] audio_0.1-5      colorspace_1.2-4 digest_0.6.4     grid_3.1.1       gtable_0.1.2    
[6] MASS_7.3-34      munsell_0.4.2    plyr_1.8.1       proto_0.3-10     Rcpp_0.11.2     
[11] reshape2_1.4     scales_0.2.4     stringr_0.6.2    tools_3.1.1

我从其他人那里得知这是某种内存问题，但即使我有超过 2 GB 的可用 RAM，也会出现此错误。我知道这是一个广泛使用的包，所以当然这不会发生在每个人身上，但为什么会发生在我身上呢？有谁知道我可以做些什么来解决这个问题？

Answer 1

这不是这个问题的答案，但它可能对某人有所帮助。 （灵感来自 user1310503。谢谢！）

我正在处理具有三个 cols 的 data.frame df：col1、col2、col3。 一开始，

df =data.frame(col1=character(),col2=numeric(),col3=numeric(),stringsAsFactors = F)

过程中多次使用rbind，如：

aList<-list(col1="aaa", col2 = "123", col3 = "234")
dfNew <- as.data.frame(aList)
df <- rbind(df, dfNew)

最后，df通过data.table::fwrite写入文件

data.table::fwrite(x = df, file = fileDF, append = FALSE, row.names = F, quote = F, showProgress = T)

df 有 5973 行和 3 列。 “捕获的段错误”总是发生：

address 0x1, cause 'memory not mapped'.　

这个问题的解决方法是：

aList<-list(col1=as.character("aaa"), col2 = as.numeric("123"), col3 = as.numeric("234"))
dfNew <- as.data.frame(aList)
dfNew$col1 <- as.characer(dfNew$col1)
dfNew$col2 <- as.numeric(dfNew$col2)
dfNew$col3 <- as.numeric(dfNew$col3)
df <- rbind(df, dfNew)

那么这个问题就解决了。可能的原因是cols的类不同。

Answer 2

这不是这个问题的答案，但它可能对某人有用。当我使用pdf 创建PDF 图形设备然后使用plot 时，我遇到了段错误。这发生在 R 2.15.3、3.2.4 和一两个其他版本上，在 Scientific Linux 版本 6.7 上运行。我尝试了很多不同的东西，但我可以让它工作的唯一方法是（a）使用png或tiff而不是pdf，或者（b）保存大的.RData文件，然后使用完全独立的R 程序来创建图形。

Answer 3

如果其他人将来遇到此问题或类似问题，我向包维护者发送了错误报告，他建议卸载所有已安装的包并重新开始。我接受了他的建议，并且奏效了！

我听从了这篇帖子的建议：http://r.789695.n4.nabble.com/Reset-R-s-library-to-base-packages-only-remove-all-installed-contributed-packages-td3596151.html

ip <- installed.packages()
pkgs.to.remove <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")), 1]
sapply(pkgs.to.remove, remove.packages)