Postgres DB 无法使用 RJDBC 连接到 R答案

【问题标题】：Postgres DB can't connect to R with RJDBCPostgres DB 无法使用 RJDBC 连接到 R
【发布时间】：2023-03-14 23:49:01
【问题描述】：

我一直在尝试通过 R 从 PostgreSQL 数据库中查询数据。我尝试用几个不同的包（RODBC, RJDBC, DBI, RPostgres 等）给猫剥皮，但我似乎不断收到驱动程序错误。奇怪的是，使用相同的驱动程序/URL 和设置从 SQLWorkbench/J 连接到 Postgres，我从来没有遇到过问题。

我尝试使用postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar 和postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar，以及R 中的通用"PostgreSQL" 驱动程序。这两个jar 文件是（i）我一直使用SQLWorkbench/J 的驱动程序和（ ii) 分别是同一驱动程序的稍新版本。然而，当我尝试使用它时......

drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/Users/xxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar")

我收到一个错误：

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

好的，接下来我尝试使用通用驱动程序：

drv_generic <- dbDriver("PostgreSQL")

奇怪的是，它不希望我输入用户名：

>con <- dbConnect(drv=drv_generic, "jdbc:postgresql://xxx.xxxxx.com", port=xxxx,     uid="xxxx", password="xxxx")
>Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : unused argument (uid = "xxxx")

所以我在没有用户/uid 的情况下尝试它：

con

并得到一个错误....

Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
RS-DBI driver: (could not connect jdbc:postgresql://padb-01.xxx.com:5439@local on dbname "jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com:5439")

显然语法错误？

然后我回到尝试“自定义”驱动程序（之前的 .jar 文件之一）但没有指定 driverClass。

drv_custom1

con

并得到这个错误：

Error in .jcall(drv@jdrv, "Ljava/sql/Connection;", "connect", as.character(url)[1],  : 
RcallMethod: attempt to call a method of a NULL object.

我又试了一次，只是稍微改变了语法：

con <- dbConnect(drv=drv_custom1, url="jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com", port=xxxx, uid="xxxx", pwd="xxxxx",dsn="xxxx")

并得到同样的错误。我也尝试了许多其他变体/方法。我认为我的部分困惑来自这样一个事实，即在 DBI 之类的包和 RJDBC 等基于它的包之间以非常零碎的方式处理文档，因此当我查看诸如 ?dbConnect 之类的文档时，我的许多选项甚至没有提到需要指定，而且我一直在根据与这些包/错误相关的各种 Google 搜索结果进行工作。

我发现一个线程建议尝试

.jaddClassPath( "xxxxx/postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar" )

首先，但这似乎没有帮助。

我也尝试过使用

x <- PostgreSQL(max.con = 16, fetch.default.rec = 500, force.reload = FALSE)

无济于事，我尝试使用 RODBC 作为驱动程序。

更新：

我尝试使用旧版本的驱动程序（jdbc3 而不是 jdbc4），重新启动 R，并分离所有不必要的包。

我能够加载驱动程序

> drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/xxxxx/xxxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc3.jar")

但我仍然无法连接...

> con <- dbConnect(drv=drv_custom, "jdbc:postgresql://xxxxx.xxxxx.com", port=5439, uid="xxxxx", pwd="xxxxx")
Error in .verify.JDBC.result(jc, "Unable to connect JDBC to ", url) : 
Unable to connect JDBC to jdbc:postgresql://xxxxx.xxxx.com

【问题讨论】：

标签： java r postgresql jdbc rjdbc

【解决方案1】：

这对我有用：

library(RJDBC)
drv <- JDBC("org.postgresql.Driver","C:/R/postgresql-9.4.1211.jar")
con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://host:port/dbname", user="<user name>", password="<password>")

诀窍是在url 中包含port 和dbname。出于某种原因，jdbc:postgresql 似乎不喜欢从dbConnect 参数中读取这些信息。

如果您不确定dbname 是什么，它可能是postgres。
如果您不确定port 是什么，它可能是5432。

所以一个典型的调用应该是这样的：

con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://10.10.10.10:5432/postgres", user="<user name>", password="<password>")

你可以从https://jdbc.postgresql.org/获取jar文件

【讨论】：

【解决方案2】：

在 IRC 上进行了一些故障排除，但这是必须发生的：

我需要清除工作区，分离 RODBC 和 RJDBC，然后重新启动
加载 RPostgreSQL
仅使用通用驱动程序
修改语法为

con <- dbConnect(drv=drv_generic, "xxx.xxx.com", port=vvvv, user="ffff", password="ffff", dbname="ggg")

注意：删除 jdbc:postgresql: 部分是关键。这些对于 RJDBC 来说是必要的，但结果证明 RJDBC 是一条不必要的痛苦路线。

【讨论】：