使用 Lattice（或其他东西）在 R 中绘制 lme4 的回归结果答案

【问题标题】：Plotting Regression results from lme4 in R using Lattice (or something else)使用 Lattice（或其他东西）在 R 中绘制 lme4 的回归结果
【发布时间】：2010-11-20 19:51:08
【问题描述】：

感谢previous answer，我已经使用 lme4 拟合回归。现在我对每个州都有一个回归拟合，我想使用 lattice 为每个州绘制 QQ 图。我还想以格子格式绘制每个状态的误差图。如何使用 lme4 回归的结果制作格子图？

下面是一个使用两种状态的简单示例（是的，我喜欢一个很好的头韵）。我想制作一个由对象制成的两个面板格子适合。

library(lme4)
d <- data.frame(state=rep(c('NY', 'CA'), c(10, 10)), year=rep(1:10, 2), response=c(rnorm(10), rnorm(10)))
fits <- lmList(response ~ year | state, data=d)

【问题讨论】：

标签： r linear-regression lme4

【解决方案1】：

我推荐使用更通用的 plyr 包，而不是使用 lmList。

library(plyr)

d <- data.frame(
 state = rep(c('NY', 'CA'), c(10, 10)), 
 year = rep(1:10, 2), 
 response = c(rnorm(10), rnorm(10))
)

# Create a list of models
# dlply = data frame -> list
models <- dlply(d, ~ state, function(df) { 
  lm(response ~ year, data = df)
})

# Extract the coefficients in a useful form
# ldply = list -> data frame
ldply(models, coef)

# We can get the predictions in a similar way, but we need
# to cast to a data frame so the numbers come out as rows,
# not columns.
predictions <- ldply(models, as.data.frame(predict))

predictions 是一个常规的 R 数据框，因此很容易绘制。

【讨论】：

好吧，你刚刚卖给我学习 plyr 包。 :) 我选择了 lme4，因为我可以比 plyr 更容易理解它所做的事情。现在我看到了 plyr 的优势。谢谢。
我正忙着将我的预测值加入到原始数据集。在上面的示例中，NY 在输入 data.frame 中排在第一位，CA 在输出中排在第一位。字段 [year] 未保留在 data.frame [predictions] 中。这可能很明显，但我该如何加入这些呢？
而不是 as.data.frame(predict)，使用类似 function(model) { transform(d, pred = predict(model)) }
这周我从这个方法中得到了很多好处。感谢您的帮助！

【解决方案2】：

我不确定您是否可以轻松地将其放入 lattice。您在fits 中拥有的是一个 S4 对象，其中包含一个带有标准 lm 对象列表的 .Data 槽：

R> class(fits)
[1] "lmList"
attr(,"package")
[1] "lme4"
R> class(fits@.Data)
[1] "list"
R> class(fits@.Data[[1]])
[1] "lm"
R> op <- par(mfrow=c(2,4))
R> invisible(lapply(fits@.Data, plot))

最后一个图只是为您绘制了两次lm 对象的标准 2x2 图，为拟合对象列表的每个元素绘制一次。使用 plot 的 which 参数选择这些子集或用于其他回归诊断。

如果您真的想要 lattice 预测与实际的图，您可能需要对此进行编程。

【讨论】：

【解决方案3】：

我在使用 lme4::lmList 时遇到了一些问题。例如，摘要似乎不起作用。因此，您可能会因此遇到一些问题。

因此，即使我使用 lmer 而不是 lme，我也一直明确地调用 nlme::lmList。然后摘要等将起作用。

【讨论】：