使用R在直方图中使y轴对数答案

【问题标题】：Make y-axis logarithmic in histogram using R [duplicate]使用R在直方图中使y轴对数
【发布时间】：2011-12-11 07:27:53
【问题描述】：

您好，我正在使用 R 制作直方图，但是 Y 轴的数量太大，我需要将其转换为对数。请参阅下面的脚本：

hplot<-read.table("libl")
hplot
pdf("first_end")
hist(hplot$V1, breaks=24, xlim=c(0,250000000), ylim=c(0,2000000),main="first end mapping", xlab="Coordinates")
dev.off()

那么我应该如何更改我的脚本？谢谢

【问题讨论】：

直方图上的对数 y 轴没有意义 - 条形向下延伸到 0，在对数刻度上是负无穷大。

标签： r histogram logarithm

【解决方案1】：

您可以保存直方图数据以在绘图前对其进行调整：

set.seed(12345)
x = rnorm(1000)

hist.data = hist(x, plot=F)
hist.data$counts = log10(hist.data$counts)

dev.new(width=4, height=4)
hist(x)

dev.new(width=4, height=4)
plot(hist.data, ylab='log10(Frequency)')

【讨论】：

这有点误导，因为您已将基线从 0 移动到 10^0 = 1。
@hadley 是的，我也觉得这很奇怪。有一个原因你不能像正常情节一样通过log='y'。
工作得很好，只是 dev.new(width=4, height=4) 在我使用 RStudio 时说“In (function () : Only one RStudio graphics device is allowed”不起作用。
@saganas 是的，你可以跳过 rstudio 中的那些，UI 让你在绘图之间导航

【解决方案2】：

另一种选择是使用plot(density(hplot$V1), log="y")。

它不是直方图，但它显示的信息几乎相同，并且它避免了不合逻辑的部分，即计数为零的 bin 在日志空间中没有明确定义。

当然，这仅在您的数据是连续的而不是真正分类或有序的数据时才相关。

【讨论】：

【解决方案3】：

y 轴在对数刻度上的直方图将是一个相当奇怪的直方图。从技术上讲，它仍然符合定义，但它可能看起来相当具有误导性：峰值将相对于分布的其余部分变平。

您是否考虑过，而不是使用对数转换：

将计数除以 100 万：

h <- hist(hplot$V1, plot=FALSE)

h$counts <- h$counts/1e6

plot(h)
将直方图绘制为密度估计：

hist(hplot$V1, freq=FALSE)

【讨论】：

y 轴为对数刻度的直方图是相当常见的事情，特别是如果您想处理尾部，即具有极值的罕见事件。您可以在这里找到类似问题的回复：stackoverflow.com/questions/1245273/…

【解决方案4】：

您可以记录绘图的 y 值，然后添加自定义日志 y 轴。

这是一个随机正态分布数的表格对象的示例：

# data
count = table(round(rnorm(10000)*2))
# plot
plot(log(count) ,type="h",  yaxt="n", xlab="position", ylab="log(count)")
# axis labels
yAxis = c(0,1,10,100,1000)
# draw axis labels
axis(2, at=log(yAxis),labels=yAxis, las=2)

【讨论】：