如何安装不在 conda 存储库中的 R 包？

Question

我正在使用 Anaconda 来管理我的 R 安装。它适用于 Anaconda 提供的 R 通道中可用的软件包，但我在安装 Anaconda 存储库中不包含的软件包时遇到了麻烦。

我尝试了几种不同的方法，下面列出了所有方法及其错误输出。

1。 install.packages('rafalib')

建议在这里工作conda - How to install R packages that are not available in "R-essentials"?。我的.libPaths() 指向'/home/user/anaconda2/lib/R/library'。

输出：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

我从 conda 频道 r-old 安装了 tcl，但 install.packages() 仍然抛出相同的错误消息。

2。 options(menu.graphics=FALSE) 然后install.packages('rafalib')

我得到了一个镜像列表并选择了一个。

输出：

Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

2和3都来自Disable/suppress tcltk popup for CRAN mirror selection in R

3。在~/.Rprofile中设置镜像

在尝试install.packages() 之前，我将以下内容添加到我的~/.Rprofile。

## Default repo
local({r <- getOption("repos");
       r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"; 
       options(repos=r)})

输出：

trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

4。将下载方法设置为“curl”或“wget”。

同时保留新的~/.Rprofile configuration。我想这不是必需的，因为该软件包现在似乎可以正常下载，但我测试了它以防万一。

输出：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  download had nonzero exit status

5。手动download of rafalib

install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')

输出：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

6。从rafalib 构建一个 conda 包

我为此Errors building R-packages for conda 开了一个单独的问题。简而言之，它抱怨缺少我已经安装的依赖项。 更新我解决了依赖问题，现在我遇到了与其他方法相同的rl_signal_event_hook-error。

7。 sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5

根据https://github.com/conda/conda/issues/1679，但它并没有为我解决问题。

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看来我现在可以正常下载软件包，但安装失败。我之前在Jupyter Notebook 中使用带有irkernel 的R 时看到了错误消息sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook，但它从未妨碍我的工作。通过 anaconda 运行 python 时，我从未见过与该错误消息相关的任何内容。

我没有想法。有谁知道我如何安装不是由 anaconda 提供的 R 包，例如 rafalib 或 swirl？

我正在使用内核 4.4.5-1-ARCH 的 Linux（Antergos，Arch 衍生产品）。

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2016 年 4 月 15 日更新

有一些related discussion in this thread。我试图通过安装不同版本的 ncurses 来解决这个错误，包括this patched version，并且我试图链接 readline 库，as suggested here，但我一直遇到同样的错误。在这一点上我很迷茫，如果能提供任何帮助来解决这个问题，我将不胜感激。

Answer 1

最后，我通过关注 the approach recommended here 并将 anaconda 的 libreadline 符号链接到系统一解决了 rl_event_hook问题：

mv ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2.bak
ln -s /usr/lib/libreadline.so.6.3 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2

由于在 withing R 中使用install.packages() 时无法加载共享对象，我仍然无法安装一些依赖重的 R 包。但是，更简单的包工作正常，我可以从 anacondas R 获得大部分依赖重的包-存储库。

Answer 2

关于管理在和不在 Anaconda R 中的包的详细帖子：http://ihrke.github.io/conda.html

本质上是在使用命令：

conda skeleton cran <package_name>
conda build <package_name>

如果包中的依赖项也不在 Anaconda 中：

conda skeleton cran <dependency1>
conda skeleton cran <dependency2>
conda build <package_name>

基本上我同意这篇文章的说法，即我不明白 install.packages() 如何与 Anaconda 一起工作。我似乎看到的是 Anaconda 创建了一个 R 环境，其中保留了从 install.packages() 安装的所有软件包。

每当我在 Jupyter 中使用 R 工作时，我都会使用这个环境并且能够访问我使用 install.packages() 安装的所有包