通过 environment.yml 文件使用 conda 安装 R 包答案

【问题标题】：Install R packages using conda via an environment.yml file通过 environment.yml 文件使用 conda 安装 R 包
【发布时间】：2020-06-30 12:23:09
【问题描述】：

通常我会创建 conda 环境，例如...

conda env create -f environment.yml
conda activate env_name

我通常在 Python 中工作，典型的 environment.yml 简单文件可能看起来像这样......

name: env_name
dependencies:
  - python=3.7
  - pip=19.3
  - pandas=0.24.2
  - pip:
    - scipy==1.2.1

environment.yml 文件在安装 R 包时应该是什么样子？包裹在 CRAN 上

【问题讨论】：

标签： r installation anaconda conda miniconda

【解决方案1】：

一般的经验法则是大多数 R 包在 Anaconda Cloud 中都有相应的包，并添加了前缀 r-。 defaults 频道涵盖了常用软件包，而 conda-forge 频道对 CRAN 的报道最为全面，并且拥有 helpful scripts for adding new ones。我通常建议在创建 R 环境时优先考虑 conda-forge。

对于生物信息学家，所有 Bioconductor 软件包都可通过 bioconda 渠道获得，带有 bioconductor- 前缀和小写字母。比如SingleCellExperiment被打包成bioconductor-singlecellexperiment。

一个好的起点是简单地搜索 Anaconda Cloud (example search)。

示例

假设您想要 tidyverse 伞包并希望使用 R v4.1。用于此的 YAML 将是

name: my_r_env
channels:
 - conda-forge
dependencies:
 - r-base=4.1
 - r-tidyverse

附加说明

避免在任何 R 会话中使用 install.packages() - 由于 R 实例不知道在环境中进行编译，因此很容易出现动态链接问题。这对于纯 R 包来说不是问题，但在这种情况下，将包添加到 conda-forge 应该很简单（大约需要 15 分钟的工作和大约 12-24 小时的周转时间，IME） .

避免使用 Conda 的 RStudio 包 - 这是一个废弃的项目，旧版本与新的 R 版本不兼容。这可能会更改一次RStudio switches from Qt to Electron。不过，there are better ways 将环境加载到 RStudio 中，而无需在环境中安装完整的 IDE。

【讨论】：

....什么时候不可以通过这些渠道获得？
@LudvigH 取决于它在哪里可用以及是否需要编译。如果您有具体细节，我建议您提出一个新问题。如果您想让我看看，请再次在此处标记我。
我在这里写的：stackoverflow.com/questions/65984771/… 并希望得到任何指导。
在哪里指定 r 版本？
@liang 你可以添加r-base=4.1作为依赖（例如）