【问题标题】:Conda not found after upgrading to macOS Catalina升级到 macOS Catalina 后找不到 Conda
【发布时间】:2020-02-06 00:30:59
【问题描述】:

我刚刚将我的 MacBook 更新为 Catalina。更新后zsh找不到了。事实上,在我的 .zshrc 中,我有:

export PATH=/anaconda3/bin:$PATH

但是,路径 /anaconda3/bin 不再存在。这是否意味着我失去了所有的环境?

【问题讨论】:

  • Apple 正在攻击开源,尤其是机器学习和数据科学用户。似乎有一个很快就会出现的解决方案......但到目前为止,您仍然被下面的黑客所困扰。

标签: macos anaconda conda environment macos-catalina


【解决方案1】:

您可以在桌面上名为“Relocated Items”的快捷方式链接中找到整个 anaconda3 环境。似乎升级到 Catalina 不允许将 Conda 环境安装在用户目录下,现在可能与将新系统卷移动到只读分区有关。

这个 issue 早在 6 月 10 日就已经打开了,我有点失望,在 Catalina 升级到来之前它没有得到解决。

有一个似乎可以在不丢失您的环境的情况下工作的解决方案,请参阅此链接:https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/10998#issuecomment-539215005

来自链接:

  1. 将位于 Relocated Items 中的文件夹 anaconda3 复制到 /Users/myname/

  2. 打开终端

  3. 输入:export PATH='/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH'

  4. 输入:conda init zsh

【讨论】:

  • 按照步骤移动anaconda3目录后,我发现jupyter notebook内核崩溃了。我不得不手动更改 /Users/[myusername]/Library/Jupyter/kernels/python3/kernel.json 中的启动器参数。
  • 这对我不起作用,我在运行 conda init zsh 时仍然收到 zsh: /Users/me/anaconda3/bin/conda: bad interpreter: /anaconda3/bin/python: no such file or directory 错误。还有什么我可以做的吗?
  • 我认为导出命令需要双引号,即 export PATH="/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH"otherwise $PATH 不会被正确替换,所有旧路径位置都会消失
  • 对于 Kyle 的问题,您必须将 anaconda3/bin/conda 文件中的第一行替换为 #!/Users//anaconda3/bin/python
  • 应该用双引号... export PATH="/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH"
【解决方案2】:

使用这个(不要使用双“”)

export PATH='/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH'

【讨论】:

    【解决方案3】:

    我能够通过从 Homebrew (https://brew.sh/) 安装 miniconda 来解决此问题。安装 Homebrew 后,在终端中输入以下内容:

    brew cask install miniconda
    

    安装 miniconda 后,应该可以通过终端访问 conda 命令,您可能还需要运行 conda update conda 以确保环境中的软件包一致。

    最后,您可能需要更改打开 Anaconda 工具(例如 Jupyter Notebook)的方法。这些工具可以通过带有前缀conda run ...的终端访问

    例如:

    conda run jupyter notebook
    

    会打开 Jupyter Notebook,但是命令

    jupyter notebook
    

    可能行不通。在this post 上提出了类似的问题。

    【讨论】:

    • 感谢您指出启动笔记本的新命令是conda run jupyter notebook。那是为我做的。
    【解决方案4】:

    Anaconda 已就该问题发布了blog post。似乎有两个主要选择:

    1. 重新安装:目前仅限 shell 安装程序(如果您依赖 GUI,则需要等待新的安装程序)。

    2. 修复(实验性):将允许您修复旧安装并保留所有旧环境

    您可以查看Anaconda website 了解更多信息。

    【讨论】:

    • 重新安装对我不起作用! jupyter 打不开!弹出一个编辑器
    • 我按照this link 中解释的步骤使用command-line-install 安装了Anaconda。它对我有用。
    • 我也这样做了。它没有。
    • 我按照博客文章中的所有说明进行操作,它对我有用!
    【解决方案5】:

    如果您使用 zsh,conda 安装程序会在您的 ~/.bash_profile 文件末尾添加一个 conda 初始化脚本。您应该将其复制并粘贴到您的 ~/.zshrc 文件中。

    【讨论】:

      【解决方案6】:

      我关注了this post,它成功了(我是为 python 3 做的)。步骤总结:

      1. 将 anaconda3 文件夹从 Relocated Items 移至您家
      2. 下载Anaconda3的命令行安装程序
      3. 使安装脚本可执行 (chmod +x)
      4. 使用-u 选项运行安装程序以升级现有的 Anaconda 安装:

        ./<name of anaconda installer> -u

      5. 将此行添加到您的.bash_profile:

        export PATH="/Users/<username>/anaconda3/bin:$PATH"

      【讨论】:

        【解决方案7】:

        我通过命令方式成功安装了anaconda,还是没有运行。

        所以,conda 已安装但未激活。

        我的解决步骤:

        1. 重启电脑
        2. 来源 ~/anaconda/bin/activate

        (在终端;激活需要成功运行)

        1. conda 初始化

        (需要运行没有任何错误)

        1. conda config --set auto_activate_base True

        (这将自动激活 conda 以运行 conda)

        1. 如果您不想自动激活,请给出参数“False”而不是“True”。每次运行 conda 之前,您都必须执行 “conda 初始化”

        这也解决了另一个问题——我的 spyder 没有从导航器运行。现在它运行良好。

        如果不起作用,请告诉我。

        【讨论】:

          【解决方案8】:

          现有的答案都不适合我,但 this one 可以。

          1. https://repo.anaconda.com/pkgs/misc/cpr-exec/cpr-0.1.1-osx-64.exe下载anaconda自带的前缀替换工具并使其可执行:

            curl -L https://repo.anaconda.com/pkgs/misc/cpr-exec/cpr-0.1.1-osx-64.exe -o cpr && chmod +x cpr
            
          2. anaconda3 文件夹从 Relocated Items 移动到您的主文件夹:~/anaconda3。

          3. 使用以下命令修复您的文件夹:

            ./cpr rehome ~/anaconda3
            
          4. 重新运行 conda init 以修复您的 conda shell 命令:

            source ~/anaconda3/bin/activate
            
            conda init
            

          如果您使用的是 zsh,请将最后一个命令替换为:

          conda init zsh
          

          【讨论】:

          【解决方案9】:

          复制anaconda3/ path to /Users/<my_user>/

          然后export PATH='/Users/<my_user>/anaconda3/bin:$PATH'

          编辑文件:

          • /Users/<my_user>/anaconda3/conda

          编辑第一行,如:

          FROM #!//anaconda3/bin/python
          TO  #!/Users/<my_user>/anaconda3/bin/python
          

          将更改保存到/Users/&lt;my_user&gt;/anaconda3/bin/conda init zsh

          应该有效

          【讨论】:

            【解决方案10】:

            现在有一个来自 anaconda 的修复程序。

            自上次发布以来的另一个关键变化是 Apple 发布了 macOS 版本 10.15 - 卡特琳娜。不幸的是,这是一个突破性的版本 对于使用 pkg 安装程序的以前版本的 Anaconda。 该 Anaconda Distribution 2019.10 安装程序解决了这些问题,并且应该 在 macOS Catalina 上安装没有问题。 如果您想修复 您当前的 Anaconda 安装,请查看此博客文章 提示。

            https://www.anaconda.com/anaconda-distribution-2019-10/

            1. 首先删除旧安装。
            2. 安装新的 2019.10+ 发行版。
            3. 打开终端/cmd 测试conda -V
            4. 测试出jupyter notebook

            一切对我来说都很完美,不需要改变路径或任何东西。

            【讨论】:

              【解决方案11】:

              这个命令对我有用:

              $ export PATH='/opt/anaconda2/bin:$PATH'
              $ conda init zsh
              

              【讨论】:

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