计算 r 中 data.frame 中的出现次数答案

【问题标题】：counting occurrences in data.frame in r计算 r 中 data.frame 中的出现次数
【发布时间】：2015-01-14 03:45:54
【问题描述】：

我有一个 200 列的数据框，每列包含 150 个基因（行）。

我想统计整个数据框中每个基因的出现次数

mydat <-

    V1       V2       V3        V4       V5       V6        V7       V8  
1   TGFBR2   TGFBR2   TGFBR2    TGFBR2   TGFBR2   TGFBR2    TGFBR2   TGFBR2
2   MAML2    MAML2    MAML2     MAML2    MAML2    MAML2     MAML2    MAML2
3   BMPR2    EIF5A    WRAP53    WRAP53   EIF5A    EIF5A     EIF5A    EIF5A
4   EIF5A    BMPR2    EIF5A     EIF5A    ADAMTSL3 BMPR2     WRAP53   BMPR2
5   EIF5AL1  WRAP53   ADAMTSL3  BMPR2    BMPR2    WRAP53    BMPR2    EIF5AL1
6   WRAP53   EIF5AL1  BMPR2     ADAMTSL3 WRAP53   EIF5AL1   EIF5AL1  WRAP53
7   TBC1D5   ADAMTSL3 EIF5AL1   EIF5AL1  EIF5AL1  ADAMTSL3  ADAMTSL3 C1QTNF7
8   ADAMTSL3 C1QTNF7  C1QTNF7   C1QTNF7  FHL1     YAP1      AURKB    ADAMTSL3
9   C1QTNF7  FHL1     RGS7BP    LIFR     C1QTNF7  TMEM43    C1QTNF7  LIFR
10  AURKB    RGS5     AURKB     FAM198B  AURKB    C1QTNF7   PSMB6    PDGFD

所以我希望输出是这样的：

occurences
TGFBR2: 8
MALM2 : 8
FHL1:   3

等等。但我想计算数据框中的每个基因。

我该怎么做？

【问题讨论】：

用as.data.frame(...)包装@CathG和@Sven建议的代码，你会得到一个漂亮的数据框。

标签： r dataframe

【解决方案1】：

试试

occurences<-table(unlist(mydat))

（我分配了结果，因此您不会得到全屏的基因名称，因此每个基因的出现都可以通过occurences["genename"] 访问）

【讨论】：

【解决方案2】：

table(unlist(mydat))

会成功的。

ADAMTSL3    AURKB    BMPR2  C1QTNF7    EIF5A  EIF5AL1    MAML2   TBC1D5 
       8        4        8        8        8        8        8        1 
  TGFBR2   WRAP53     FHL1     RGS5   RGS7BP  FAM198B     LIFR   TMEM43 
       8        8        2        1        1        1        2        1 
    YAP1    PSMB6    PDGFD 
       1        1        1

【讨论】：

CathG 的答案有书面解释，因此更胜一筹。