如何重塑数据框然后将其转换为 dgCMatrix？

Question

我有一个如下所示的数据框（行名是“1”、“2”、“3”...）。由于每列中都有非唯一条目，因此我无法将它们中的任何一个指定为行名。

gene cell count
a    c1    1
a    c2    1
a    c3    4
b    c1    3
b    c2    1
b    c3    1
f    c1    3
d    c8    9
e    c11   1

在每个细胞中测量每个基因（意味着它们在计数列中有一个值），但未显示零计数（例如，基因“a”在细胞 c8 和 c11 中的计数为零，因此不会出现）。

现在我想通过以下安排将数据框重塑/转换为 dgCMatrix

（基因作为行名，单元格作为列名，计数值作为数据点）

   c1  c2  c3  c8  c11 
a  1   1   4   .    .
c  3   1   1   .    . 

在哪里“。”对应于零计数。

我尝试过 reshape、reshape2、as.matrix，正如这里许多帖子中提到的那样，但没有成功。

Answer 1

你先转换成长格式，把基因列设置为行名：

library(Matrix)
library(dplyr)
library(tidyr)

mat <- df %>% pivot_wider(id_cols = gene,values_from = count,names_from = cell,
values_fill = list(count=0)) %>% tibble::column_to_rownames("gene")

然后到sparseMatrix：

mat = Matrix(as.matrix(mat),sparse=TRUE)

    5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  c1 c2 c3 c8 c11
a  1  1  4  .   .
b  3  1  1  .   .
f  3  .  .  .   .
d  .  .  .  9   .
e  .  .  .  .   1