tbl_merge：在合并的 tbl_regression 模型中按字母顺序对变量进行排序 {gtsummary}答案

【问题标题】：tbl_merge: sort variables alphabetically in merged tbl_regression models {gtsummary}tbl_merge：在合并的 tbl_regression 模型中按字母顺序对变量进行排序 {gtsummary}
【发布时间】：2022-01-21 08:03:00
【问题描述】：

考虑下面的例子：

library(tidyverse)
library(gtsummary)

    t1 <- trial %>%
      na.exclude() %>%
      lm(marker ~ age + ttdeath, .) %>%
      tbl_regression()
    t2 <- trial %>%
      na.exclude() %>%
      lm(marker ~ age + response + death, .) %>%
      tbl_regression()
    t3 <- trial %>%
      na.exclude() %>%
      lm(marker ~ age + stage + death, .) %>%
      tbl_regression()
    t4 <- trial %>%
      na.exclude() %>%
      lm(marker ~ stage + grade + death, .) %>%
      tbl_regression()
    
    tbl_merge(list(t1, t2, t3 ,t4))

在特征选项卡中，变量仅在特定模型中按字母顺序排列。例如，如果只看表 1 就可以了，那就是 A-M-T。

但是，当同时查看多个表格时，顺序不是按字母顺序排列的。有没有办法在所有表格中按字母顺序对变量进行排序？

例如年龄、年级、死亡月数/审查员、患者死亡...

我假设这样做的方法是通过gtsummary::modify_table_body 进入dplyr::arrange，但我不知道该怎么做。

任何帮助将不胜感激。提前致谢。

编辑：实际上，无论如何手动修改变量的顺序也会有所帮助，如果太难，请忽略它。

Edit2：我忘了提到还有一目了然的统计数据，比如add_glance_table(adj.r.squared) %>% modify_table_body(~.x %>% arrange(row_type == "glance_statistic"))（在这个例子中没有），所以我想变量的排序有可能与一目了然统计的顺序混淆以及。请原谅我把这个弄复杂了，但它会非常有帮助。

【问题讨论】：

标签： r gtsummary

【解决方案1】：

@Daniel D. Sjoberg 的解决方案显然是最好的。但这里有一个我认为更灵活的替代策略。

Daniel D. Sjoberg 使用 tbl_stack() Supress table header in tbl_regression of gt_summary 提供了提示

这是它的工作原理：

首先像你一样使用tbl_merge
然后在表格的每个变量行中使用tbl_split。您将获得一份清单。
为列表元素指定名称
然后按照您希望的顺序使用tbl_stack！

library(tidyverse)
library(gtsummary)

x <- tbl_merge(list(t1, t2, t3 ,t4))

y <- x %>% 
  tbl_split(variables = c(age, ttdeath, response, death, stage, grade)) 

age <- y[[1]]
ttdeath <- y[[2]]
response <- y[[3]]
death <- y[[4]]
stage <- y[[5]]
grade <- y[[6]]

tbl_stack(list(age, grade, ttdeath, death, response, stage))

【讨论】：

我找到了一种可能更好的方法（与 Daniel 一起），它来自 [link]stackoverflow.com/questions/46129322/…。您可以modify_table_body( ~.x %>% dplyr::arrange( match(var_label, c("variable_name_1", "variable_name_2", [...])) )手动自定义修改您的可变订单！
这是我的第一个解决方案。但问题是您无法从 tibble 或数据框中获取 gt_summary 表。

【解决方案2】：

modify_table_body() 是正确的选择。您首先要安排将一览表放在底部的顺序，然后按"var_label" 安排以将变量按字母顺序排列。 "var_label" 是 .$table_body 中的一列。下面的例子！

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.5.0'

t1 <- trial %>%
  lm(marker ~ age + ttdeath, .) %>%
  tbl_regression() %>%
  add_glance_table(adj.r.squared)
t2 <- trial %>%
  lm(marker ~ age + response + death, .) %>%
  tbl_regression() %>%
  add_glance_table(adj.r.squared)
t3 <- trial %>%
  lm(marker ~ age + stage + death, .) %>%
  tbl_regression() %>%
  add_glance_table(adj.r.squared)
t4 <- trial %>%
  lm(marker ~ stage + grade + death, .) %>%
  tbl_regression() %>%
  add_glance_table(adj.r.squared)

tbl <- 
  tbl_merge(list(t1, t2, t3 ,t4)) %>%
  modify_table_body(
    ~.x %>% 
      dplyr::arrange(
        row_type == "glance_statistic", # sort glance table to bottom
        var_label                       # sort by the variable label (a hidden column) 
      )
  )

^{由reprex package (v2.0.1) 于 2021 年 12 月 19 日创建}

【讨论】：