指定在 R 中使用哪个 shell

Question

我必须在 R 中运行一个 shell 脚本。我考虑过使用 R 的 system 函数。

但是，我的脚本涉及 source activate 和 /bin/sh shell 中不可用的其他命令。有没有办法我可以使用 /bin/bash 代替？

谢谢！

Answer 1

调用/bin/bash，并通过-c选项以下列方式之一传递命令：

system(paste("/bin/bash -c", shQuote("Bash commands")))
system2("/bin/bash", args = c("-c", shQuote("Bash commands")))

如果您只想运行 Bash 文件，请为其提供 shebang，例如：

#!/bin/bash -
builtin printf %q "/tmp/a b c"

并通过将脚本的路径传递给system 函数来调用它：

system("/path/to/script.sh")

暗示当前用户/组有足够的permissions来执行脚本。

基本原理

之前我建议设置SHELL 环境变量。但这可能行不通，因为 R 中 system 函数的实现调用了同名的 the C function（参见 src/main/sysutils.c）：

int R_system(const char *command)
{
    /*... */
    res = system(command);

和

system() 库函数使用fork(2) 创建一个子进程，该子进程执行使用execl(3) 的命令中指定的shell 命令，如下所示：

execl("/bin/sh", "sh", "-c", command, (char *) 0);

（见man 3 system）

因此，您应该调用/bin/bash，并通过-c 选项传递脚本主体。

测试

让我们使用 Bash 特定的 mapfile 列出 /tmp 中的顶级目录：

test.R

script <- '
mapfile -t dir < <(find /tmp -mindepth 1 -maxdepth 1 -type d)
for d in "${dir[@]}"
do
  builtin printf "%s\n" "$d"
done > /tmp/out'

system2("/bin/bash", args = c("-c", shQuote(script)))

test.sh

Rscript test.R && cat /tmp/out

样本输出

/tmp/RtmpjJpuzr
/tmp/fish.ruslan
...

原答案

尝试设置SHELL环境变量：

Sys.setenv(SHELL = "/bin/bash")
system("command")

那么传递给system或system2函数的命令应该使用指定的shell来调用。