在 R 中调用 UNIX 命令 - 连接操作答案

【问题标题】：Invoking a UNIX command in R - join operation在 R 中调用 UNIX 命令 - 连接操作
【发布时间】：2015-07-13 11:15:55
【问题描述】：

system("join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt;")

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt;'

我怎样才能正确地写这个？

【问题讨论】：

您的报价似乎有问题。您想从命令行启动的命令到底应该是什么？
我刚刚更正了这个问题。我想在 R 终端上调用连接操作。它适用于 bash 终端。
@nicola 对上述内容有什么想法吗？
我猜问题来自system 使用sh 而您的线路需要bash。如果你把你的行放在一个文件中然后运行system("bash filename.sh") 它应该可以工作。
@nicola 我正在考虑用 R 代码附加这一行，所以我希望像这样运行它。

标签： r unix system

【解决方案1】：

正如@nicola 所说，您可以将该行放入文件并运行为：

system("bash filename.sh")

如果您想避免创建文件，可以在 bash 上使用 -c 选项，如下所示：

system("bash -c 'join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt'")

您可以在this answer 中阅读有关-c 选项的更多背景信息。

【讨论】：