将节点进程与 MPI 和 FORTRAN 一起分类

Question

我正在尝试使用 MPI 和 Fortran 实现将位于同一节点上的进程与组分开。 MPI 有可以识别的例程吗？

我的想法是通过它们的主机名来分隔这些进程，这在我正在使用的机器的节点上是相同的。但我不知道它是否适用于所有集群。

Answer 1

您可能想查看 MPI_COMM_SPLIT_TYPE。它将允许您根据作为参数传入的split_type 拆分现有通信器：

int MPI_Comm_split_type(MPI_Comm comm, int split_type, int key,
                        MPI_Info info, MPI_Comm *newcomm)

目前，唯一的 split_type 是MPI_COMM_TYPE_SHARED，在标准中定义为：

这种类型将通信器拆分为子通信器，每个子通信器 可以创建共享内存区域。

这通常与您所要求的相同，但您必须在您的机器上仔细检查它是否属实。

您需要知道的另一件事是，这是 MPI-3 中的一个新功能，因此它可能不适用于所有 MPI 实现。我知道它适用于MPICH 及其衍生产品。 AFAIK，它在 Open MPI 的最新版本中不可用。因此，请确保您拥有真正支持它的 MPI 版本。

Answer 2

我已经为环境不提供 MPI 3.0 的系统实现了类似的拆分功能，并且它在多个集群上运行良好。它使用MPI_GET_PROCESSOR_NAME 并依赖于大多数集群 MPI 实现返回节点的 FQDN 作为结果的事实 - 使用 Open MPI 和 Intel MPI（基于 MPICH，因此其他 MPICH 衍生产品预期会有类似的行为）进行测试)。在伪代码中它是这样工作的：

rank := MPI_COMM_RANK(communicator)
prev_rank := rank - 1; IF (prev_rank < 0) prev_rank := MPI_PROC_NULL
next_rank := rank + 1; IF (next_rank >= num_procs) next_rank := MPI_PROC_NULL

proc_name := MPI_GET_PROCESSOR_NAME

list := MPI_RECV(from prev_rank)
IF (list does not contain proc_name) THEN
   list := list + proc_name
END IF

colour := index of proc_name in list
key := rank

MPI_SEND(list to next_rank)

MPI_COMM_SPLIT(communicator, colour, key, newcomm)

这段代码基本上构建了一个唯一的 MPI 处理器名称（主机名）列表，每个进程使用它的 MPI 处理器名称在这个列表中的位置作为通常拆分功能的颜色。在我的算法的 C 实现中，列表只是一个字符串 - 以零字节作为分隔符的所有项目的串联。在 Fortran 中，可以使用主机名中通常不允许使用的任何符号，例如;。然后字符串作为MPI_CHAR (C) 或MPI_CHARACTER (Fortran) 的数组简单地传递。